Los orígenes de este convento arrancan de los mismos días de la Reconquista de Málaga por los Reyes Católicos. Se atribuyó el triunfo sobre la Málaga musulmana a una pequeña imagen de la Virgen que los Reyes tenían en su oratorio por lo que se proclamó Virgen de la Victoria y se entregó a la ciudad, construyendo los Reyes una capilla, custodiada por el ermitaño Bartolomé de Coloma, para custodiarla en el mismo emplazamiento de su campamento.

En 1493 los frailes Mínimos fundaron en Málaga el Real Convento de Nuestra Señora de la Victoria, casa matriz de la orden en España que haría extensivo este nombre a todas sus casas, concediéndoseles la Real capilla, núcleo original del establecimiento religioso.

Las primeras obras se realizaron en el convento terminándose el claustro y los dormitorios e inmediatamente la iglesia, consagrada en 1518, aunque, no obstante, continuarían las obras de aquel hasta 1606.

Al finalizar el siglo XVII la iglesia necesitaba una restauración y las rentas del convento no podían acometerla por lo que el Conde de Buenavista, don José Guerrero y Chavarino ofreció a repararla y ampliarala a su costa, autorizándolo la Comunidad en 1691, pero al reconocerla los alarifes en 1692 denunciaron la falta de solidez, por lo que se decidió levantar un nuevo templo, comenzando el derribo del antiguo en 1693. Como director de la obra se propuso al arquitecto Felipe de Unzurrunzaga, que desarrolló una copiosa actividad en Málaga durante la primera mitad del XVIII. El Conde costeó la obra de la iglesia y levantó además un pórtico, campanario, sacristía y antesacristía, camarín, un panteón privado y otro para la comunidad, inaugurándose la obra en Junio de 1700.

Ordenado suprimir a causa de la ley de 25 de octubre de 1820, la cual obligaba a todos aquellos conventos que no alcanzasen un mínimos de religiosos a agruparse en otro de la misma orden, el monasterio mínimo de Málaga tuvo que transferirse, conjuntamente con los de Alhaurín de la Torre, Antequera, Archidona (Málaga) y Olvera (Cádiz), al convento de Torrox situado en la Axarquía malagueña. A partir de esta fecha, el edificio y su emplazamiento se transformará, bajo orden del gobernador ciudadano Francisco Javier Abadía, en establecimiento militar.

En 1836 el edificio desamortizado será convertido en Hospital Militar, el cual perduró hasta 1988.