Eclesiástico y jurisconsulto español. Consejero de la Inquisición, presidente y visitador del Consejo de Indias, presidente del Consejo de Hacienda.

Licenciado en Leyes por la Universidad de Salamanca. El rey Felipe II le designó, en 1564, visitador de la Universidad de Alcalá de Henares con el fin de llevar a cabo algunas reformas (1564-1566).A continuación, fue nombrado Visitador y reformador del Consejo de Indias (1567). Después, fue Presidente de dicho Consejo de Indias (1571-1575) y en el último año de vida, lo simultaneó con el mismo cargo en el Consejo de Hacienda (1574-1575).

Su labor al frente del Consejo de Indias fue ingente detacando la sistematización de los estudios geográficos de las posesiones españolas en América a fin de catalogar y precisar el conjunto de las mismas, que dieron lugar a las "Relaciones geográficas de Indias". Además, en su reforma del organismo creó el el cargo de cronista cosmógrafo.

Ocupado Ovando en las cuestiones indianas y en la reformación del gobierno de la hacienda, Juan de Ovando falleció en Madrid muy pobre en la villa y Corte de Madrid en septiembre de 1575. Su cuerpo fue depositado el día 9 en la iglesia parroquial de Santa María la Real de la Almudena, desde donde fue trasladado algunos años después a San Mateo de Cáceres, en cuya iglesia había mandado fundar y dotar una capellanía por cláusula testamentaria.

Entre sus escasos bienes dejaba una pequeña biblioteca, compuesta de cuatrocientos sesenta y seis volúmenes, que correspondían a trescientos sesenta y tres títulos, tasados en cerca de 6000 reales, algunos de los cuales, probablemente, había adquirido a través de Benito Arias Montano, a quien durante alguna época le solicitaba la adquisición de libros.