En torno a 1482 se narra la aparición de una virgen a un pastor, señalándole un manantial de agua. La imagen de esta santidad, según la tradición mariana continuaba realizando milagros, entre ellos, que al ser trasladada varias veces a Rodas, se volvía a aparecer en su lugar de origen. Al final, decretaron construirle una ermita allí, pues se entendió que ese era el deseo de la virgen. A partir de entonces, el fervor y las limosnas fueron aumentando, de tal manera que a principios de los años treinta del siglo XVI, el arcediano Francisco de Heredia y el concejo rodense protagonizaron un conflicto por la titularidad de las rentas de la ermita, que se resolvió a favor del ayuntamiento. Finalmente, se resolvió que lo mejor sería poner el santuario al cuidado de una orden religiosa.

La gestión la realizó Marcos de Salazar, ministro del santuario de Nuestra Señora de Tejada. En 1555 tenían la licencia del Capítulo de la Orden, posesionándose en 1558, no sin la ayuda de el hacendado Juan Carrasco y sin la oposición de parte del ayuntamiento y clero secular. Tras varias expulsiones se instalaron definitivamente en 1561.

En 1594 se construyó la nueva iglesia en el mismo lugar que la ermita primitiva.

El monasterio debió de levantarse en tres periodos: a finales del siglo XVI (iglesia, camarín, convento y hospedería). A mediados del siglo siguiente (1655) se terminó el primer paño, camarín y el claustro. Hacia la mitad del siglo XVIII se construyeron los arcos y las bóvedas de la iglesia, la decoración barroca y el arreglo general.

Con la desamortización fueron expulsados los frailes y confiscadas sus posesiones, salvándose de la venta la iglesia, camarín y sacristía por una Real Orden que trasladaba la parroquia a su iglesia (en sustitución de la antigua iglesia de San Gregorio). Función que sigue cumpliendo en la actualidad. El inmueble monacal fue adquirido por Felipe García, presbítero de la Roda.

La primera imagen de la Virgen de los Remedios fue destruida en 1936. En 1940 fue tallada la imagen actual por el madrileño Jacinto Higueras.

Fuensanta formó parte de la provincia de Cuenca hasta la creación de Albacete en 1833.