Aunque no se sabe exactamente la fecha exacta del fundación del convento de carmelitas calzados de Mallorca, sí sabemos que el 19 de julio de 1294, Jaime II ordenó a los jurados de Mallorca que protegiesen a los carmelitas ante la oposición de los clérigos a la fundación de un convento de la orden. Más tarde, el 1 de mayo de 1305, con el convento ya fundado, el mismo Jaime II concedió al convento el uso de aguas procedentes de la ciudad. Durante este siglo también se pudo llevar a cabo un acuerdo con los clérigos que se habían opuesta a su asentamiento en Mallorca, así, en 1321 se firmó una concordia con los rectores de la iglesia, siendo el prior del convento, Pedro Natal.

Muy pronto contó el convento con donaciones procedentes de las familias poderosas de la isla, lo que permitió a la comunidad emprender las obras de adecuación del complejo conventual con rapidez. Así por ejemplo, el capitán de la expedición a Canarias, Francesc Desvalers, dona, en 1350, 20 sueldos para este fin, también contribuyó Pedro IV en 1352 que donó una manzana de casas. El claustro y el coro del templo fue sufragado por el padre General de la orden, Juan Ballester, muerto en 1374. Todas estas donaciones llevaron al convento a ser el más rico de la provincia carmelita de Cataluña, esta importancia llevó al convento a ser constituido como centro de estudios en la segunda mitad del siglo XV.

Durante los siglos XVI y XVII el convento siguió viviendo buenos tiempos debido a la importancia de su colegio, llamado San Cirilo. Éste poseía una enorme biblioteca de Filosofía y Teología y además, el padre Juan Pedrolo amplió los estudios del colegio con cursos de Gramática y Artes. En estos años seguían contando con abundantes donaciones que permitieron arreglar la iglesia, que en 1595 amenazaba ruina, habiendo sido terminadas las reparaciones en 1604 con la financiación del capitán Fortuny, entre otros. En el siglo XVIII se produjo un bajón en la economía, teniendo el convento más gastos que ingresos, no obstante el número de religiosos se mantuvo estable teniendo una media de 50 frailes, como demuestra que en 1680 la comunidad fuese de 52 religiosos y de 49 en 1782.

En el siglo XIX la vida del convento vería su fin, aunque la Guerra de la Independencia no supuso graves trastornos a la vida de los frailes, durante el Trienio Liberal el convento tuvo que cerrar sus puertas tras la aplicación de la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. Tras ser restituido el poder a Fernando VII, los carmelitas regresaron, pero en 1835, los 31 religiosos que habitaban el convento tuvieron que abandonarlo definitivamente tras ser éste suprimido debido a la aplicación de los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.