El origen del convento está en un eremitorio (o Casa Guía) que data de la época goda, donde se veneraba una imagen de la virgen y cuya reconstrucción fué completada por Alfonso X hacia 1285. No obstante, el convento fué fundado en 1509, si bien es cierto que según el protocolo del convento, disponible en el Archivo Histórico Nacional, la fundación se realizó el 16 de febrero de 1532.

A lo largo del tiempo los agustinos obtenían más peso en la ciudad, así logran en 1533 el traspaso de la Casa Ermita por Rodrigo Alonso de Argumedo (protonotario apostólico) y en 1561, por escritura ante Juan Montesinos, la ciudad da a los Agustinos el terreno para su iglesia.

La imagen de Nuestra Señora de la Guía, que era venerada en esos años en la Iglesia de San Ildefonso, pasó a llamarse Nuestra Señora del Socorro a raiz de un milagro que se atribuyó. Esto ocurrió a principios del S.XVII. En 1610 la familia Dávila (patrona del templo de San Ildefonso) la cede en custodia, donándola definitivamente en 1623, y pasando a formar parte del patrimonio del convento.

En 1623, los agustinos del Convento de la Guía, emprendieron un proceso de mudanza, ya que el antiguo edificio amenazaba ruina, hecho que provocó muchas controversias, ya que por ejemplo econtraron la oposición entre otros clérigos, finalmente una Real Cédula puso fin a las disputas, sentenciando que los agustinos no iban a realizar una nueva fundación, si no un traslado de lugar. Las obras del nuevo convento se concluyeron en 1643.

La historia del convento se desarrolló tranquila hasta 1810, en que el edificio fué ocupado por los franceses, y aunque los frailes volvieron en 1812, tras la marcha de las tropas francesas a Cádiz, pronto tuvieron que volver a marchar tras la ocupación de tropas españolas. Su regreso definitivo se produjo en 1814, y se prolongó hasta 1835, cuando cerró definitivamente tras la exclaustración de Mendizabal.