El Convento de San Agustín se estableció en 1309 en unos terrenos cedidos por Jaume Basset en la calle Comerç y su primer prior fue fray Bonanat Zaguals. La primera piedra de la iglesia se colocó en 1349, pero los edificios conventuales no se terminaron hasta el siglo XVIII. Inicialmente, la comunidad tuvo tropiezos con la cercana parroquia de Santa María del Mar y con otras órdenes religiosas establecidas en la ciudad, pero con el transcurso de los años el lugar adquirió mucha importancia.

El bombardeo de Barcelona durante la Guerra de Sucesión dañó los edificios (1714) y en 1716 el rey Felipe V ordenó derribarlos para construir la Ciutadella. El convento se trasladó entonces cerca de la calle del Hospital. Los agustinos tomaron posesión del nuevo convento en 1728, aunque el edificio no se terminó hasta 1750. La fachada de la iglesia, sin embargo, quedó inacabada.

El Convento de San Agustín sufrió duramente las turbulencias del siglo XIX. Durante la Guerra de la Independencia las tropas francesas lo utilizaron como cuartel. En 1814 los frailes volvieron a ocupar el convento y trataron de restaurarlo, pero en 1835 fue incendiado junto con otros conventos de la ciudad. Poco después, fue suprimido por el gobierno junto a los demás conventos y monasterios españoles y se convirtió en parroquia, función que todavía ejerce.