Algunas tradiciones sitúan el origen del Convento de San Agustín de Burgos en los siglos IX o X, ya que se tiene conocimiento desde antiguo de la existencia de ermitaños agustinos en estas tierras. El primitivo monasterio de San Agustín, existía desde el año 1050, bajo el nombre de San Andrés Apostol, posteriormente cambió de asentamiento al antiguo monasterio benedictino de San Juan y cambiar el titular a San Agustín.

No obstante, el primer documento escrito que tenemos es de 1267, en el que Blanca de Portugal, infanta hija de Alfonso III, donaba unos terrenos al convento. Tras autorización de Sancho IV de Castilla, donó tierras para ampliar el convento y dotarlo de huerta. Ella fué la primera benefactora del convento, dentro una larga serie de personajes que otorgaron privilegios y mercedes. Así tenemos el ejemplo de Fernando IV que en documento firmado el 15 de diciembre de 1300 autoriza a los frailes a usar el agua del río Cardeñuela y confirma los privilegios de su padre Sancho IV o Felipe II que concede el 14 de octubre de 1593 la cantidad de 1600 ducados para acbar las obras del coro. El convento logró el patronato real de la mano de Felipe III, como consta en documento firmado el 4 de noviembre de 1615.

Entre sus priores tenemos que destacar a Santo Tomás de Villanueva, el famoso escritor ascético, nombrado prior en 1537, cargo que desempeñó hasta el 24 de abril de 1540. El monasterio tenía noviciado y cátredras de Artes y Gramática para religiosos y seglares, además de escuela para niños. Fuendada por el Obispo de Arequipa (Perú), Pedro de Perea, según consta en documento del 20 de agosto de 1643.

El convento fue destruido por los franceses en la Guerra de la Independencia, y aunque después se intentó reconstruir, en 1828 cesó su vida conventual. Cerrándo sus puertas definitivamente con la exclaustración. Hay que resaltar que en este convento se dió la famosa la devoción del Santo Cristo de Burgos, imagen del S.XIV que actualmente reside en la Catedral de Burgos: Allí lleva desde 1836, fecha en que es trasladado debido a la aplicación de la ley de exclaustración.