De la fundación de la comunidad en Calatayud no hay mucha documentación, sólo un apunte en una bula Religiosam vitam, de 1245. Se deduce que nace de una comunidad de monjes mercedarios, procedente de Munébrega, que se traslada a Calatayud en 1245 ubicando el convento en la esquina sureste de la actual plaza del fuerte.

El 22 de julio de 1273 se funda una capellanía perpetua gracias a una renta de mil sueldos concedida por el Señor Pedro Canet. El lugar escogido es un espacio entre la muralla y la ermita de San Alberto, sobre el solar cedido por el Ayuntamiento bilbilitano.

El conjunto de convento, iglesia de tres naves y claustro, se reedificó en 1718 costeado por fray Juan Navarro, general de la Orden, más tarde obispo de Albarracín. En la guerra de la independencia fue fortificado y en 1808, Durán y el Empecinado, lo sitiaron volando con una mina parte de la iglesia y de la torre.

La comunidad mercedaria volvió temporalmente al convento, hasta la Desamortización. En ese momento se calculaba que los mercedarios de Calatayud eran propietarios de un número aproximado de 70 fincas. Con la salida de la comunidad religiosa del edificio se produjo también la dispersión de sus tesoros artísticos.

Posteriormente las instalaciones se usaron como cuartel, prisión militar y depósito de sementales. Hoy el solar está ocupado por la plaza del Fuerte.