La primera noticia del convento la tenemos en 8 de septiembre de 1373. En esta fecha se produce la concesión al convento de merced perpetua de 3000 maravedíes al año por parte de Sancho, Conde de Alburquerque y Señor de Haro. En ese privilegio se cuenta como un vasallo suyo, Diego López de Haro, dona a la orden una finca extramuros para que los agustinos funden una iglesia y convento.

Este convento tuvo múltiples problemas con las autoridades religiosas de Haro. El Vicario General de la Diócesis y otras personas, asaltó el convento y encarceló a varios religiosos. Cómo resultado de esto, los agustinos acudieron al Papa y finalmente, tras el examen de un Auditor de la Corte Pontificia, se falló a favor de lo agustinos. Se despachó un Breve dirgido al Obispo de Calahorra y su Vicario el 9 de febrero de 1390.

En el S.XV el convento logró expandirse poco a poco a raiz de varias donaciones, paralelo a ésto continúan los problemas con el cabildo de clérigos de Santo Tomás. Las pleitos eran deribados de la competencia a la hora de llevar a cabo los enterramientos, funerales etc...No obstante en 1528, lograron cerrar un acuerdo, comprometiéndose ambas partes respetar unos principios básicos.

El convento tenía noviciado, y estudios de Filosofía y Artes para religiosos. En 1835 el convento cierra por los decretos de exclaustración de Mendizabal.