El Convento de Santa María de Jesús de Huécija fue fundado por Teresa Enríquez de Cárdenas, hija de Alonso Enríquez, Almirante de Castilla, para contribuir a la conversión al cristianismo de los moriscos de la zona. Aunque la donación del convento a los agustinos ermitaños se hizo el 18 de enero de 1509, los frailes no tomaron posesión del mismo hasta 1511. El convento se puso bajo la advocación de Santa María de Jesús. Teresa Enríquez dotó a la comunidad de frailes de 17.000 maravedíes de renta para mantener a seis religiosos. Posteriormente, los Duques de Maqueda se convirtieron en patronos y protectores del convento, lo que permitió construir una iglesia en piedra de estilo renacentista.

El convento contaba con 13 frailes cuando fue asaltado por los moriscos en la Navidad de 1568, durante la Guerra de las Alpujarras (1568-1571). Ante el avance morisco, los habitantes de la villa y de los pueblos cercanos se refugiaron en la torre del convento, donde murieron todos cuando los moriscos incendiaron los edificios. Después de la guerra, los agustinos restauraron el convento, cuya reparación se extendió hasta 1597. En el siglo XVIII se levantó una nueva iglesia.

Durante el resto de su existencia, el convento contó habitualmente con entre seis y ocho frailes. Se ocupaban de la confesión y la predicación en Huécija y otros pueblos de la comarca. El convento también contó con una casa de noviciado y una cátedra de gramática para alumnos externos de la villa.

El convento fue abandonado el 22 de agosto de 1835 debido al Real Decreto de 25 de julio de ese año suprimiendo los monasterios y conventos de religiosos con menos de 12 individuos profesos. La iglesia, sin embargo, ha continuado funcionando como parroquia.