La fundación de este monasterio estuvo llena de polémica, ya que se logró tras un largo pleito con el obispado, que se solucionó tras largo tiempo y con la intervención del Papa. En 1582 el Padre Maestro Marcelo de Lebrija se reunió con el concejo de la ciudad de Jaén para que su orden pudiese adquirir un que se estaba construyendo, para crear un Colegio con el patronazgo del ayuntamiento, dónde se impartiese Latinidad, Teología y Artes. La orden se comprometía a conseguir las bulas papales para autorizar el colegio, así también a proveer de lectores al colegio.

En el año 1583 se buscó la autorización del obispo, Francisco Sarmiento, pero éste tenía una orden del rey para establecer un seminario en el mismo edificio donde iban a construir el colegio los agustinos. El obispo se negó a compartir el edifico con los agustinos. En 1585, cuando el Cabildo Municipal ratificó la fundación del colegio-universidad, dió comienzo un largo periplo para conseguir la titularidad del edificio.

Lebrija buscó el apoyo de los otros conventos agustinos en la diócesis. Así, armado de bulas papales y de letras apostólicas dadas por Jerónimo Mateus, protonotario del Papa, otorgó poderes al prior de la iglesia de San Juan de Sevilla y al prior del Convento de Santa Isabel en Huelma. Así el 9 de agosto de 1585, se firma el Acta Notarial que funda el Convento de San Agustín.

El conflicto se recrudeció y los agustinos sufrieron excomunión y los bienes de la orden fueron arrebatados. Fueron acusados de dar clases y cobrar dinero a los alumnos sin autorización del obispo, dar misa en edificios profanos etc....

No sería hasta 1587, tras una apelación a la Congregación de Obispos y Religiosos en roma, cuando se emite sentencia el 25 de julio, y se obliga al prelado de Jaén a devolver a los agustinos todos sus bienes. Por ello, es aquí cuando se marca la verdadera fecha de inicio del Convento.

El fin del Convento lo podemos situar en la Guerra de la Indencia, cuando el edificio sufrió un incendio y la primera invasión francesa. Esto produjo que los frailes tuvieran que trasladarse al edificio de la Compañía de Jesús, dónde permanecieron hasta la exclaustración de Mendizabal.