Convento fundado en 1286 junto al muro este de la ciudad. Los agustinos ocuparon un antiguo convento de franciscanos que había sido abandonado por los mismos.

En 1313 se amplia el convento con la construcción de su iglesia. A principios del s.XVII, se produce un hecho muy importante para el convento, y es que se funda su biblioteca que fue una de las mejores de Zaragoza, recibiendo varios censos para conservar y aumentar los depósitos de libros. Incluso se llegaron a producir abusos en los que desaparecían o se vendían libros, y por ello se necesitó la intervención del General de la orden. Esta se produjo el 21 de septiembre de 1645, y se amenazó de anatema a los culpables.

El convento poseía noviciado y estudios de Filosofía y Teología y Moral Cristiana. En 1808 el ejército francés destruyó el templo ya que sirvió de defensa para los españoles. De hecho la Defensa de la iglesia de San Agustín, se convirtió en un episodio muy famoso que incluso fue motivo de inspiración para obras de arte. El 6 de abril de 1814 Félix Meave, Predicador Real y Asistente General de los agustinos, pide desde Zaragoza a Fernando VII la devolución de los conventos, petición que fue atendida, aunque a cambio de que colaboraran en sufragar los gastos ocasionados por la guerra.

El convento, que en 1808 había llegado a tener 56 religiosos, bajó el número a 32 frailes en 1835, año en el que cerró las puertas tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal. Entonces el convento pasó a manos del ejército, dependiendo del cuartel de San Miguel.