No se sabe cuándo fue fundado exactamente el Monasterio de Santa María da Franqueira, pero la primera referencia documental es del siglo XI. Se conocen pocos detalles de su historia inicial, pero se sabe que a mediados del siglo XII era un monasterio benedictino. Tradicionalmente se había fechado su incorporación a la Orden del Císter en 1293, aunque no hay ninguna evidencia documental que lo pruebe. No obstante, si no ocurrió en esa fecha, debió producirse en una fecha próxima.

El edificio se construyó en el siglo XIV y la iglesia se terminó hacia 1343. El monasterio no recibió muchas donaciones a lo largo de su historia, pero se convirtió en lugar de culto de la imagen de Santa María da Franqueira. A finales del siglo XIV el monasterio recibió el coto de A Franqueira de parte de Payo Sorreda de Sotomayor y en 1481 se hizo cargo de las propiedades del extinto monasterio de Casteláns. El 16 de agosto de 1521 se unió a la Congregación de Castilla, lo que conllevó perder el rango de abadía y convertirse en priorato. Aunque posteriormente intentó recuperar su categoría abacial, el monasterio nunca llegó a disponer de los recursos necesarios para ello.

El monasterio fue cerrado durante el Trienio Liberal (1820-1823) debido a la supresión de las órdenes monásticas por la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. Fue suprimido definitivamente por los decretos de exclaustración de 1835. La iglesia ha continuado abierta al culto como parroquia hasta la actualidad.