Convento del que se desconoce su fecha de fundación, aunque según referencias secundarias a documentos desaparecidos, esta se remontaría a 1271. No obstante, en una Real ejecutoria de 1830 conservada en el Archivo del convento, se alude a una serie de privilegios concedidos de los que puede extraerse que en 1278 el cenobio ya existía. Por tanto, podría establecerse el último tercio del s. XIII como probable fecha de fundación.

Como era costumbre, puede suponerse que, en un principio, las fundadoras habitaron temporalmente en una vivienda particular a la espera de que algún señor, según el hábito de la época, les levantara casa e iglesia propias. Y, en efecto, este llego, pues la documentación apunta a que Dª. Mayor Pérez (noble pontevedresa esposa de D. Fernán Núñez de Aldán y amiga de la primera abadesa del convento: Soror Leonor Rodríguez) fue quien patrocinó la construcción del conjunto conventual mediante la donación de capital y propiedades a finales del s. XIII o principios del s. XIV. Parece ser que el proyecto no finalizó hasta 1510, pero este dato alude al remate final del ábside de la iglesia por lo que, a buen seguro, la construcción del cenobio habría finalizado mucho tiempo atrás.

Hasta 1564 no se tiene noticia de esta comunidad, cuando Pío V ordenó a fray Alonso Gutiérrez (ministro provincial de Santiago) "reducir a la Observancia a todos los Conventos de Frayles, y Monjas Claustrales de esta Provincia", señalando a Santa Clara de Pontevedra entre ellos.

En 1702, el padre Martín Sarmiento (escritor y erudito benedictino) relata que, siendo un niño, "huyó a Tenorio con las cuarenta monjas de Santa Clara". En este episodio de su biografía, el religioso hace referencia al inicio de la Guerra de Sucesión Española, concretamente a los acontecimientos acaecidos tras la derrota de la flota española en la batalla de Rande, cuando el ejército anglo-holandés atacó y saqueó Redondela y la isla de San Simón. Parece ser que ante la posibilidad de que los invasores dirigieran sus pasos hacia Pontevedra, la comunidad de clarisas optó por refugiarse en la cercana población de Tenorio (en la actualidad perteneciente al Ayto. de Cotobade), probablemente en el monasterio franciscano de San Pedro. Allí permanecieron hasta 1710, cuando cansadas de las vejaciones recibidas por los religiosos, abandonaron el lugar y se refugiaron en el palacio de fray Antonio Monroy, arzobispo de Santiago. Con el objetivo de evitar males mayores, acudieron al nuncio de España (Giuseppe Lucini), pero los franciscanos lo hicieron a la autoridad civil. Finalmente, las hermanas solicitaron la intervención del papa Clemente XI y, en consecuencia, en junio de 1710 la Sagrada Congregación de Obispos y Religiosos dispuso a la comunidad de clarisas bajo la jurisdicción del arzobispo de Santiago, a quien ordenaron que investigara el caso y remitiera un informe sobre lo sucedido. El resultado fue que los franciscanos dejaron de atenderlas espiritual y temporalmente, pasando a ser sus vicarios aquellos pertenecientes al clero secular. Se desconoce la fecha de retorno a su convento.

Desde entonces, poco más sabe de esta comunidad, salvo la descripción que hace Madoz en su Diccionario Geográfico-Estadístico-Histórico, en el que indica que la componían 13 religiosas. Presumiblemente fue afectado por las leyes desamortizadoras de 1836-1837, pero no queda constancia de ello.

En la actualidad, el convento sigue en activo. En abril de 2015 solo lo constituían tres hermanas de avanzada edad y corrió peligro de ser clausurado. Sin embargo, poco después se confirmó la transferencia de varias religiosas de otras comunidades para evitar este hecho. A pesar de ello, el edificio se encuentra muy deteriorado, y aunque la Diputación de Pontevedra ha tratado de adquirirlo para ocuparse de su mantenimiento, la Iglesia siempre ha dado su negativa.