El convento de San Antonio de Baeza, en la provincia de Jaén, tiene su origen en el S.XIV. Se trata de una fundación de los monjes franciscanos del convento de San León, abandonado y posteriormente, reformado por las monjas de Santa Clara, quienes dejarían su convento del barrio de San Juan, por este más amplio, posiblemente, en el S.XV.

No se encuentran muchos datos de esta institución.

Sobrevivió a las medidas desamortizadoras y a las exclaustraciones de la década de 1830-40. Actualmente sigue en activo.

Dada su antigüedad y los usos por distintas comunidades, su fábrica, refleja la evolución de los estilos artísticos que ha vivido. La fábrica original es de estilo gótico, se conserva su claustro de dos plantas. La estructura externa y el templo, han sufrido numerosas transformaciones, así la portada que presenta es de estilo plateresco, se levantada a principios del siglo XVI y la espadaña es del S.XVIII. A la iglesia se accede por una portada de medio punto plateresca con la figura de San Antonio.

El Templo contaba con una techumbre policromada que se perdió en 1953, durante unas nefastas obras de restauración y el artesonado del coro bajo se trasladó al salón de plenos del Ayuntamiento, donde actualmente permanece.