En el año 1246 el rey Fernando III, tras dos intentos previos, consigue conquistar para el reino de Castilla la ciudad de Jaén.

Desde el primer momento el rey decide premiar a aquellos que le han ayudado en la campaña lo que incluía a diferentes órdenes religiosas. Les hace reparto de casas dentro de la ciudad y otras donaciones para que se instalen en los territorios recuperados y cumplan con su función religiosa.

Así es como en este año de 1246 la orden trinitaria consigue las licencias para instalarse en Jaén y hacer una fundación. Se les da un trato de favor y se les permitiría instalarse intramuros, junto al castillo de la ciudad, en la colación de San Juan, considerada una de las mejores zonas de la población. Lo harán finalmente en 1249 cuando los monjes ocupen el convento.

Se les encomienda literalmente que proveyesen a la ciudad de ministros espirituales y que asistieran y procuraran los oficios religiosos para la población jienense.

Gracias a su labor, el convento trinitario adquiriría gran prestigio durante los siglos siguientes. Ya a mediados del siglo XVII el condestable de la ciudad, Miguel Lucas de Iranzo, les otorgó nuevos privilegios sobre casas y solares hasta el punto de llegar a empedrar la calle donde estaba ubicado el convento como reconocimiento a la consideración social de la que disfrutaban.

Gozaron del apoyo de las diferentes familias nobles de Jaén. La familia Contreras o la familia de los Chicas ejercían el patronazgo de las capillas de la iglesia del convento del mismo modo que los miembros de estas y otras familias nobles que ingresaban en la religion lo hacían siempre con los trinitarios.

Los monjes eran incluidos en todos los actos públicos de importancia de la ciudad en los que tenían un papel relevante.

En el convento se fomentó la creación de diferentes cofradías que gozaron del apoyo de la población y afianzaron mas aún su prestigio y consideración en la ciudad. Alguna de estas cofradías aún perduran y conservan el culto.

Con estas facilidades el convento estuvo siempre numerosamente habitado y conservó un patrimonio que les permitió subsistir sin dificultad durante casi seis siglos.

Finalmente, en 1835, con la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal, el convento tuvo que ser abandonado. Quedaría vacío en 1836.

En el solar que ocupaba la casa se levantaron viviendas particulares y se llegó a conservar el huerto hasta finales del siglo XX que serviría para suministrar a los vecinos de la zona.