Convento fundado en 1618 a petición de los jurados del municipio de Monzón, quienes obtuvieron aprobación por bula pontificia de Paulo V fechada a 2 de octubre del mismo año. Para ejecutar esta iniciativa, fueron traídas del convento de Santa Clara de Lleida cuatro hermanas que, acompañadas por el vicario general (D. Gaspar Agustín), hicieron efectiva la institución, la cual poseía la advocación de San Esteban.

A principios de 1642, en plena Guerra de los Segadores, Monzón fue sitiada por las tropas del comandante francés Philippe de La Mothe-Houdancourt, quien finalmente logró rendirla el 19 de mayo. Sin embargo, las religiosas pudieron abandonar antes el convento y, posiblemente, refugiarse en comunidades cercanas o en viviendas de fieles próximas. Pero poco duró el destierro, pues el 4 de diciembre de 1643 la fuerza castellano-aragonesa liderada por Felipe da Silva recuperó la villa. Aunque las hermanas lograron regresar a su convento, este se encontraba en tal mal estado que se vieron obligadas a trasladarse a Zaragoza, donde permanecieron veinticuatro años. Se desconoce si durante este período se alojaron en el convento de Santa Catalina o en el de Nuestra Señora de Jerusalén.

En 1667 lograron retornar a Monzón, instalándose en la vivienda de los Ozcoidi pues, supuestamente, su cenobio se encontraba ocupado por dominicos. Sin embargo, poco permanecieron allí, ya que unos años después se asentaron en el antiguo hospital real de Santo Tomás (situado junto al puente viejo sobre el río Sosa), donde permanecerían hasta el inicio de la Guerra Civil. Algunos testimonios señalan que en 1684, dos religiosas partieron de la comunidad para ocupar los cargos de abadesa y vicaria en el convento leridano de Santa Clara de Balaguer (vinculado al santuario del Santo Cristo) como consecuencia de la juventud de las hermanas que allí residían; sin embargo, no han logrado hallarse datos que así lo atestigüen.

El 29 de septiembre de 1710, con motivo de la Guerra de Sucesión, la comunidad volvió a abandonar su refugio y se trasladó a Barbastro, donde fue acogida en el hogar de Juan Artal de Azlor y Virto de Vera (II conde de Guara). Allí permanecieron cuatro años, regresando a Monzón el 18 de agosto de 1714 tras finalizar definitivamente la contienda.

No es hasta 1815 que se tiene noticia de la comunidad, cuando inauguraron una escuela femenina gracias a la cual lograron evitar las leyes desamortizadoras de 1836-1837. En sus manos quedó la dirección de este colegio hasta 1890, momento en el que fueron relevadas por las recién llegadas hermanas de Santa Ana.

Hasta 1936 las religiosas convivieron en paz; pero el estallido de la Guerra Civil supuso su expulsión del convento de Santo Tomás, siendo este ocupado por milicianos de Transmisiones y por miembros de la Colectividad de obreros carpinteros de Monzón. Mientras gran parte de las obras que atesoraba el cenobio fueron quemadas o arrojadas al Sosa, las religiosas trataban de escapar, unas refugiándose en sus localidades de origen, otras siendo acogidas en casas particulares; no obstante, tres de ellas fueron prendidas y fusiladas en Calasanz (Huesca).

Tras finalizar la contienda, las hermanas clarisas lograron retornar a su ruinoso cenobio en 1941, pero su situación era de tal pobreza que se vieron obligadas tanto a pedir limosna por las poblaciones adyacentes como a recibir alimentos del Auxilio Social. Finalmente, en su ayuda acudió José María de Peñaranda y Barea (fundador de la empresa monzoñesa Hidro Nitro Española S.A.) quien interesado por su estado, gestionó su adhesión a la comunidad de Cantalapiedra (Salamanca), de la cual acudieron en 1954 siete religiosas que reavivaron el cenobio. Sin embargo, fue otro empresario de Monzón (de apellido Pariña) quién realmente dio un nuevo impulso a las hermanas clarisas, pues observando el estado de su convento, compró los terrenos donde se hallaba y mandó edificar uno nuevo en las afueras (inaugurado el 17 de septiembre de 1961), lugar donde reside actualmente la comunidad.