La jurisdicción especial de responsabilidades políticas tiene su origen en la Ley de 9 de febrero de 1939 de responsabilidades políticas, publicada en el BOE de 13 de febrero.

En su artículo primero la ley "declara la responsabilidad política de las personas, tanto jurídicas como físicas, que, desde el primero de octubre de mil novecientos treinta y cuatro y antes del dieciocho de julio de mil novecientos treinta y seis, contribuyeron a crear o a agravar la subversión de todo orden de que se hizo víctima a España y de aquellas otras que, a partir de la segunda de dichas fechas, se hayan opuesto o se opongan al Movimiento Nacional con actos concretos o con pasividad grave".

Para estas personas la ley establece tres tipos de sanciones:

- Restrictivas de la actividad. Inhabilitación absoluta o especial, que incluye la pérdida de empleos y cargos públicos y la incapacidad para obtenerlos durante el tiempo de la condena. Lo mismo era aplicable a las empresas, asociaciones y corporaciones oficiales, establecimientos de crédito o cualquier otra entidad que explotase servicios públicos.

- Limitativas de la libertad de residencia. Destierro a un país extranjero (extrañamiento), a las posesiones africanas de España (relegación) o a otra localidad española distinta del lugar de residencia (confinamiento).

- Económicas. Multas de diversa cuantía y pérdida de bienes total o parcial.

En casos excepcionales de gravedad extraordinaria los tribunales podían proponer al Gobierno la pérdida de la nacionalidad española, disponiendo la ley que en tales casos sería preceptivo imponer en las sentencias las sanciones de extrañamiento y de pérdida total de bienes.

En ningún caso podían los tribunales de la jurisdicción de responsabilidades políticas dictar penas de prisión.

En virtud de la ley se crean el Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas, un órgano administrativo anejo al mismo llamado Jefatura Superior Administrativa, los tribunales regionales de responsabilidades políticas, unos juzgados instructores provinciales de responsabilidades políticas y unos juzgados civiles especiales.

La ley establece la creación de un tribunal en cada una de las capitales de provincia donde hubiese una Audiencia Territorial y en las ciudades de Bilbao, Ceuta y Melilla y de un juzgado instructor de responsabilidades políticas en cada capital de provincia y en las tres ciudades antes citadas. Estos juzgados instruían los expedientes siguiendo el procedimiento establecido en el título III de la ley y los elevaban a sus respectivos tribunales regionales para su resolución. Debido al elevado número de expedientes que debían tramitarse posteriormente se hizo necesario crear nuevos tribunales y juzgados de instrucción.

Los jueces instructores provinciales de responsabilidades políticas eran nombrados por la Vicepresidencia del Gobierno a propuesta del Ministerio de Defensa entre oficiales de complemento u honoríficos del Cuerpo Jurídico Militar y del Cuerpo Jurídico de la Armada y entre profesionales de cualquier arma o cuerpo del Ejército que poseyeran el título de abogado. Los secretarios de los juzgados eran nombrados del mismo modo entre brigadas, sargentos o soldados que tuviesen el título de abogado o que hubiesen desempeñado el puesto de secretario o de oficial de secretaría en un juzgado civil o militar durante al menos un año. Los suplentes del juez y del secretario debían reunir los mismos requisitos y eran nombrados mediante el mismo procedimiento. El personal subalterno de los juzgados era nombrado por la Vicepresidencia del Gobierno a propuesta del Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas.

Las funciones de los juzgados instructores provinciales eran las siguientes:

- Cursar al tribunal regional del que dependían las denuncias recibidas para que éste acordase la incoación de un expediente o su archivo.

- Solicitar información a todas las autoridades civiles y militares y a cualquier entidad pública o privada.

- Instruir los expedientes.

- Tras concluir la instrucción de cada expediente redactar un resumen de todas las diligencias practicadas y un dictamen motivado sobre la responsabilidad o irresponsabilidad del inculpado.

- Elevar al tribunal regional el expediente con su informe para su resolución.

La jurisdicción especial de responsabilidades políticas fue modificada en profundidad mediante la Ley de 19 de febrero de 1942 sobre reforma de la de Responsabilidades Políticas, publicada en el BOE de 7 de marzo. Los tribunales regionales de responsabilidades políticas fueron suprimidos, pasando sus funciones a las Audiencias Provinciales. También fueron suprimidos los juzgados instructores provinciales y los juzgados civiles especiales, cuyas funciones pasaron a ser desempeñadas por los Juzgados de Instrucción y de Primera Instancia de la jurisdicción ordinaria.

La jurisdicción especial de responsabilidades políticas fue suprimida por Decreto de 13 de abril de 1945.