El convento se funda en el año 1458 aprovechando que la ermita de San Sebastián de Villayerno pasa a estar bajo el patrocinio del obispo Luis Acuña. Sería él quien lo cedería para que fuera ocupado por una comunidad de monjes franciscanos.

La ubicación apartada de la casa y la fama de vida ejemplar de los monjes hacen que adquiera prestigio y que muchos potentados burgaleses pidieran ser enterrados allí.

Estaría ocupado por los monjes hasta el año 1836 cuando, debido a la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal, se ven obligados a abandonar el convento.

A partir de entonces el edificio pasa a propiedad privada, concretamente a los marqueses de Murga pero poco después, estos nuevos dueños devuelven la propiedad a las instituciones religiosas.

De este modo se instala, de nuevo, una comunidad religiosa aunque en esta ocasión sería la rama femenina de la misma orden, las franciscanas clarisas.

En la actualidad siguen ocupando el convento.