Las primeras gestiones para la fundación del de San Francisco de Paula de Almoradí tienen lugar en 1609, apenas unos años después de obtener el título de Universidad (1583), y por consiguiente, la segregación de Orihuela, siendo autorizada su fundación por el Obispo de nuestra Diócesis fray Andrés Balaguer.

Se le dio el título de fundador al Presbítero Martín Tomás y a su hermana, que en mayo de 1610 hicieron donación de la hacienda de Las Bóvedas y otros bienes con la condición de que se fundase en su lugar un Colegio Pontificio en donde hubiesen estudios de Teología y Arte, algo que nunca llegó a cumplirse.

El presbítero y su hermana, naturales de Almoradí, serían llamados con el tiempo "Los Mártires", y aparecían, según descripción de José Montesinos en 1795, en un gran lienzo con marco dorado en la Sacristía de medio cuerpo, a los pies de San Francisco de Paula. En 1611 el convento fue aceptado en el Capítulo General celebrado en Marsella. Gozaba de una extensa biblioteca con libros selectos, y en sus Claustros se impartían cursos de Artes y Teología.

Un fuerte terremoto en 1829 derrumbó el convento y su iglesia.