El Convento de San Francisco de Paula de Puente Genil fue fundado en la segunda mitad del siglo XVII gracias al patrocinio de la Marquesa de Priego Doña Juana Enríquez de Ribera.

Los religiosos celebraron su primera misa en la iglesia todavía inacabada 5 de julio de 1682. El claustro se terminará en el año 1725.

El convento fue desamortizado primeramente en el año 1822 y se le vendieron sus bienes, volvió a instalarse la Comunidad al año siguiente pero con menor número de frailes y así se mantuvo hasta la exclaustración definitiva.

El edificio del convento sirvió unas veces de casa de vecindad, otras para escuelas y algunas para cuartel, llegando casi a destruirse , en esta situación fue comprado por el primer conde de Casa-Padilla, quien realizó obras de restauración para adaptarlo a residencia, de esta reforma es el escudo de armas en la puerta de acceso. Por sucesivas herencias paso finalmente una gran parte a los condes de Valdecañas, que cedieron la parte que conservaban para ampliación del Colegio de San Antonio instalado en otra parte del edificio desde el año 1926.

Actualmente el edificio es propiedad del Obispado de Córdoba, que lo tiene cedido al Ayuntamiento de Puente Genil, en el se encuentra instalado el Museo Local, la Escuela Municipal de Música y otras dependencias municipales.