Los inicios de la reforma en la orden de la Merced se dieron a principios del siglo XVII, siendo recientes las resoluciones del Concilio de Trento, que imponen un regreso a la antigua observancia de las ordenes, y con los mercedarios inmersos en múltiples pleitos para elegir a sus generales. La orden vivía una fuga de vocaciones a las que intentó poner freno fray Juan Bautista del Santísimo Sacramento, que promovió un regreso al espíritu primigenio del fundador de la orden, San Pedro Nolasco.

La descalcez fue aprobada en el capítulo general de la orden, el 26 de Abril en Guadalajara, donde se autorizó la creación de una Recolección mercedaria. Por fin, el 8 de mayo de 1603, en la capilla de Nuestra Señora de los Remedios del convento de Santa Bárbara (Madrid), varios frailes mercedarios observantes cambiaban de hábito y abrazaban la descalcez.

Pronto muchas mujeres quisieron seguir esta religiosidad, así, el 8 de junio de 1617 es fundado el convento de Lora del Río, primero de mercedarias descalzas en España. Siguiendo las directrices del Concilio de Trento, estas religiosas se constituyeron como comunidad de clausura. Muy pronto las monjas descalzas de la Merced se expandieron por España, Italia y ultramar.

El siglo XIX trajo consigo una serie de exclaustraciones y desamortizaciones de bienes a las distintas órdenes religiosas españolas. Las mercedarias descalzas no fueron suprimidas, no obstante, algunos conventos tuvieron que cerrar y sus monjas reagruparse en otros, también los bienes de los conventos fueron desamortizados y puesto en venta mediante subasta pública. A día de hoy la orden continúa teniendo presencia en España.