El 3 de julio de 1503, Juan Pérez de Licona y su esposa María Ibáñez se Sasiola, donan los terrenos cercanos al astillero de Sasiola a los franciscanos a fin de que establezcan un convento. Dicho convento sería el segundo Guipozcoa tras el santuario de Aránzazu. Esta donación se produce tras serle denegada por el cabildo eclesiástico, la fundación de un convento cercano al santuario de Itziar.

Durante la Guerra de las Comunidades (1520-1522) al principio del reinado de Carlos I, el convento fue punto de encuentro de varios jefes comuneros guipuzcoanos. Para poner fin a las reuniones, intervino el corregidor de Acuña, condenando a muerte a varios de ellos. Fue un monasterio muy bien considerado en Guipuzcoa, un famoso ejemplo de donación es el de Juan Sebastián el Elcano, que deja en su testamento, en 1526, 10 ducados de oro de renta al convento.

En 1809 el gobierno de José Napoleón, cierra el convento e incluso varios de sus frailes hacen juramento de lealtad, en 1814, con el fin de la Guerra de la Independencia regresan a él. Tras unos años de muchas dificultades llegó la I Guerra Carlista (1833-1840) y en medio de ella, las leyes de exclaustración de Mendizabal (1835), no obstante, en Guipuzcoa, controlada por los carlistas, no aplicó estas leyes. El 31 de agosto de 1839, se firma tratado conocido como Abrazo de Vergara, por el que se da fin a la guerra en el norte de España. Es despues de esto que los franciscanos del convento de Deba intentan evitar la exclaustración, elevando una petición a la Junta de Deba. No obstante, en 1840 se da orden mediante circular al corregidor de Guipuzcoa de dar cierra a todos los conventos que quedan abiertos, produciendose este año el fin del convento.