El convento de San Juan de la Penitencia de Orihuela, en la provincia de Alicante, fue producto de una iniciativa del Concejo y de la donación y patrocinio de una familia de la localidad.

En 1474, la ciudad acuerda la creación de un convento de religiosas, de la Orden clarisa.

La aportación, a través de testamento, de la viuda de Juan Onteniente, conocida como Crespa, permite la construcción de este convento. Será su hija la encargada de cumplir la voluntad de su madre, consiguiendo Bula papal, de Inocencio VIII, el 17 de febrero de 1490.

El convento se creó, sobre otro ya existente que fue de mercedarios.

Comienza su actividad, bajo la Orden franciscana, el 10 de agosto de 1493, con cinco religiosas, llegadas del Monasterio de Santa Clara de Murcia.

Este convento de la Penitencia, tuvo gran influencia en la Comarca, acogiendo entre su comunidad, a muchas de las hijas de grandes familias de la misma. Tal fue su importancia que contribuirían a la apertura de otros conventos, como el de clarisas de Elche, en 1517 y el de la ciudad de Hellín (entonces de la provincia de Murcia, hoy Albacete) en 1604.

En 1581, la comunidad se amplia con 50 religiosas, gracias al donativo recibido de Dña. Beatriz Martínes, viuda de D. Marcos Rosell.

En el S.XVIII, el número comienza a decrecer y así en 1786, cuenta con 30 profesas.

En 1811, una epidemia de peste asola la zona y provoca la muerte de 12 de sus religiosas. Al año siguiente vuelve a propagarse la enfermedad y esto obligó al abandono, temporal, del convento, retirándose la Comunidad, a unas huertas de Molins, a 3 kilómetros de Orihuela. A final del mismo año volverían y desde entonces la comunidad de clarisas ha desarrollado su actividad en el cenobio.

El edificio original fue realizado por Agustín Bernaldino a finales del siglo XVI. El actual es de la segunda mitad del siglo XVIII, trabajando en él Fray Antonio de Villanueva, escultor, arquitecto, y pintor, nacido en Lorca, y formado artísticamente en Orihuela.