En torno al año 1510 un vecino de Carrión de los Condes, Gonzalo Gallo, había fundado el hospital de San Miguel. En 1530 hace testamento en el que dispone una nueva fundación. Deja renta para cinco beatas de la Tercera Orden que había instaladas en Carrión y que debían hacerse cargo del hospital.

De este modo surge la institución que sería convento y hospital y del que se harían cargo las religiosas. Esta doble función sólo duraría hasta principios del siglo XVII. En el año 1604 las religiosas optan por adaptarse a la clausura. Encontrarían la oposición de diferentes instituciones de la villa que entendían que de este modo rompían con los deseos del fundador.

Finalmente, las religiosas siguen adelante y logran la confirmación de su decisión con la bula papal de Paulo V con fecha de julio de 1608. Desde ese momento pasarán a tener la advocación de Santa Isabel y las hermanas serían conocidas como isabelinas adoptando, además, la regla de Santa Clara.

En 1681 llegarian a ser hasta treinta y cuatro religiosas, aparte de las novicias, legas, criadas y el sacristán lo que mostraba la comodidad con la que vivía la comunidad.

Asi permanecerían hasta 1811. Durante la invasion francesa de la Guerra de Independencia, el convento sería incendiado quedando practicamente en ruinas.

Los restos que pudieron mantenerse acabarían por ser exclaustrados tras la aplicacion de los decreto de Mendizabal en 1835.

Desde ese momento, la comunidad de isabelinas tuvo que buscar nueva residencia. Acabarían por instalarse en el Convento de Santa Clara del mismo municipio de Carrión de los Condes en el año 1837.