El origen de la fundación es de 1487, coincidiendo con la toma de Málaga por los Reyes Católicos el 19 de agosto de ese mismo año.

Varios miembros de la orden trinitaria estuvieron presentes durante la toma de posesion de la ciudad y en ese momento se les encomienda la fundación de una iglesia para lo que se les otorga una Real Cédula de 21 de diciembre de 1491.

En primer lugar se les concede el solar de una antigua mezquita donde comenzaron la primera construcción pero al cabo de unos pocos meses solicitan un traslado por ser una zona con mucha actividad, incompatible con la vida conventual.

Una nueva Real Cédula de 5 de diciembre de 1492 les concede unos nuevo terrenos junto a la Puerta de Antequera de la ciudad pero en este caso tendrán conflictos con la orden franciscana que ya estaba instalada en la misma zona.

Aún probaron en una nueva ubicación junto a la Puerta del Mar pero perdieron la casa a causa del terremoto que hubo en la ciudad en 1494 y que destruyó el convento y la fábrica que habían levantado.

Ese mismo año, el 15 de octubre, se trasladan a unos terrenos cedidos por el general Francisco Ramírez de Madrid junto a la ermita de San Onofre, ubicada en el mismo lugar en el que había estado el campamento de Isabel la Católica en la ciudad.

Durante tres siglo el convento adquirió gran fama entre la propia orden y, sobre todo, entre los vecinos de Málaga que comenzaron a habitar alrededor del convento en el que sería conocido como barrio de la Trinidad.

Entre los monjes que pasaron por la comunidad se reconocieron grandes estudiosos dentro de la estadística, teología, reconocidos gestores en la redención de cautivos, escritores...

Tuvieron el constante apoyo de los descendientes del capitán Ramírez de Madrid entre los que se encontraban las familias de los marqueses de Rivas y Malagón o los condes de Castelar.

Así permaneció el convento hasta entrado el siglo XIX. Fue en 1835, al sufrir el efecto de los decretos de exclaustración de Mendizabal, cuando la comunidad se vio obligada a abandonar la antigua casa.

Después de la exclaustración el edificio fue cuartel y en 1923 es ocupado por la infanteria. Estos serían sus últimos habitantes, años después sería definitivamente abandonado.

El 20 de marzo de 1980 se publica en el BOE el Real Decreto por el que se declaraba este convento como monumento histórico- artístico nacional.