Fundado por Juan de la Piedra Verástegui, mercader y vecino de Sevilla. Su testamento, redactado en marzo de 1643 donaba todos sus bienes para que con ellos se fundase este convento, promovido por el amor a su tierra natal y a su hija Catalina de Piedra novicia en el convento de San Martín de Don en Burgos.

En 1652 ya se estaba iniciando las obras de acondicionamiento del terreno para asentar la casa.

El 26 de octubre de 1666 parten del convento donde estaba Catalina de Piedra con licencia del Arzobispado de Burgos, las seis madres fundadoras. Llegando el 31 de octubre a Balmaseda. Ese mismo día se entronizó al Santísimo Sacramento.

El convento gracias a las limosnas, las rentas y el buen invertir de sus religiosas siempre gozó de buena salud económica, salvando de 1811 a 1814 por una pobreza generalizada debido a la guerra y en 1837 por las circunstancias políticas. Hay indicios de que en 1855 quedaron desposeídas de gran parte de sus tierras, pero se carece de base documental para tal afirmación. Otro asunto económico loable y reseñable es que la dote para ingresar en el convento era inaccesible para muchas mujeres, por lo que se creó el fondo de "las indotadas" para facilitarles el ingreso.

Durante la guerra civil las religiosas más jóvenes se trasladaron al norte de Burgos, quedando en la casa las de edad más avanzada, sufriendo junto con el conjunto de la población, las penurias de la guerra.

En 1984 venden el monasterio por incapacidad para mantenerlo. El 16 de abril de ese mismo año las ocho Clarisas que quedaban se trasladaron a Loiu, donde compartirían convento con la comunidad clarisa de Las Calzadas de Mallona.

Paralelo al convento, desde su fundación y por testamento de se creó un centro de enseñanza de Gramática y Buenas Costumbres para los hijos de la villa. Esta institución se mantuvo a partir de 1718 por apoyo del ayuntamiento, que comprendió su importancia social.

El conjunto monumental actualmente se haya dividido en:

Casa conventual: Hotel - Restaurante "Hotel San Roque"

La Preceptoría de Gramática denominada Cátedra de Latinidad: convertida en vivienda particular.

Iglesia: desacralizada para ser Centro de Interpretación de la Pasión Viviente de Balsameda.