La fecha de fundación data de 1605 y se lleva a cabo por iniciativa del Padre mercedario fray Pedro de San Clemente.

Contó con el patrocinio de los condes de Niebla, don Manuel Alonso de Guzmán y su esposa doña Lorenza Gómez de Sandoval. Otorga la licencia el 26 de abril del mismo año el cardenal-arzobispo de Sevilla don Fernando Niño de Guevara.

En la escritura se establece como emplazamiento del convento la, ya existente, ermita de San Roque y como condición que, los condes de Niebla debían de dotar de todo lo necesario para la construcción y acomodo de la Orden.

El lugar de ubicación era zona pantanosa lo que traería con los años problemas en la fábrica del edificio.

En el S.XVIII se lleva a cabo una reconstrucción por los daños sufridos con el terremoto acaecido el 1 de noviembre de 1755.

A pesar del compromiso adquirido por los condes de Niebla en la escrituras, parece que estos se desentendieron con el tiempo de sus obligaciones, repercutiendo en el desarrollo normal de la institución. Los religiosos se vieron obligados a la venta de tierras. El fin de la institución llega en 1835 con la desamortización de Mendizábal.

Con posterioridad el edificio ha sido reutilizado, ha sido cuartel (1842), hospital, instituto de enseñanza secundaria.

Finalmente la iglesia se rehabilitó y forma parte de la Catedral y la fábrica del convento es desde 1991 Vice-Rectorado y Facultad Universitaria.

La iglesia de la Merced, alcanzó el rango catedralicio en el año 1953, al crearse la Diócesis de Huelva. Después del seísmo de 1968 fue clausurada al culto. Posteriormente, en 1971 se emprendió la restauración, bajo la dirección del arquitecto don Rafael Manzano Martos. Las obras finalizaron en 1977.