Los inicios de la reforma en la orden de la Merced se dieron a principios del siglo XVII, siendo recientes las resoluciones del Concilio de Trento, que imponen un regreso a la antigua observancia de las ordenes, y con los mercedarios inmersos en múltiples pleitos para elegir a sus generales. La orden vivía una fuga de vocaciones a las que intentó poner freno fray Juan Bautista del Santísimo Sacramento, que promovió un regreso al espíritu primigenio del fundador de la orden, San Pedro Nolasco.

Fray Juan Bautista mantuvo una reunión con el maestro general Monroy, en la que le informó de su pretensión de instaurar una Recolección de la Merced, también contaba con los apoyos de la condesa de Castellar. Con el visto bueno del general, acudió capítulo general de la orden del 26 de Abril en Guadalajara, donde se autorizó la creación de una rama descalza. Por fin, el 8 de mayo de 1603, en la capilla de Nuestra Señora de los Remedios (de la que era sacristán fray Juan Bautista) del convento de Santa Bárbara (Madrid), varios frailes mercedarios observantes cambiaban de hábito y abrazaban la descalcez.

Muy pronto comenzaron a sucederse las fundaciones descalzas, siendo la primera de ellas la del desierto de la Almoraima (Cádiz), el 29 de septiembre de 1603. Después llegaron El Viso, Ribas, Rota, Huelva, o el convento de Santa Bárbara en Madrid. La aprobación del papa llegaría el 6 de agosto de 1607 a través de una bula de Paulo V. Finalmente en el año 1621 se lleva a cabo la separación definitiva entre las dos ramas de la orden, continuando esta separación a día de hoy.

El siglo XIX trajo a España una serie de avatares políticos que afectaron al conjunto de órdenes religiosas españolas, cuyos conventos fueron exclaustrados en varias ocasiones y sus bienes desamortizados. En 1808 José I Bonaparte se sentaba en el trono español y estallaba la Guerra de la Independencia (1808-1814), en este periodo las órdenes religiosas fueron suprimidas a partir de un Real Decreto de 1809, muchos mercedarios abandonaron sus conventos, los cuales fueron destrozados por la guerra, a la vez que era expoliado su patrimonio.

Con la vuelta de Fernando VII al trono las órdenes religiosas fueron rehabilitadas y los conventos devueltos, pero en 1820 el pronunciamiento de Riego trajo el Trienio Liberal (1820-1823) durante el cual se promulgó la Ley sobre monasterios y conventos, por la que muchos conventos fueron exclaustrados de nuevo.

La restitución del reinado de Fernando VII hizo que se interrumpiese el proceso, pero varios años más tarde, en 1835 se produce un nuevo proceso de exclaustración que cierra definitivamente la práctica totalidad de conventos masculinos españoles. Posteriormente los bienes eclesiásticos fueron adquiridos por el estado y vendidos en subasta pública durante la llamada desamortización de Mendizábal. Los mercedarios descalzos fueron rehabilitados en España durante el siglo XIX, donde a día de hoy continúa teniendo presencia.