El convento de Santa Ana de Gibraltar tuvo su origen en el acuerdo alcanzado entre fray Rodrigo de Arce y los regidores de la ciudad para establecer un convento de la Orden de la Merced en la ermita de Santa Ana en 1581, en el contexto de la redención de cautivos que los mercedarios efectuaron en Tetuán. En esta coyuntura contó, además, con el importante impulso de la diócesis de Cádiz y de su obispo Luis García de Haro Sotomayor.

De esa fundación se conserva la Real Cédula por la que Felipe II daba su aprobación para la creación del convento fechada en Madrid el 20 de septiembre de 1583 y en la que se deduce que en él ya se habían establecido los primeros frailes mercedarios en la ermita de Santa Ana.

Los mercedarios de Gibraltar conservaron la advocación de Santa Ana para el convento, aunque también mantuvieron culto a otras imágenes como la de la Merced, la Virgen del Socorro y el Santísimo Crucificado.

En agosto de 1704, en el contexto de la Guerra de Sucesión española, la comunidad mercedaria, como la mayoría de la población, abandonó la ciudad y se refugió en el convento de Ronda permaneciendo en Santa Ana sólo tres frailes. En 1708 las autoridades británicas convirtieron el convento en cuartel. Un único fraile se mantuvo en la sacristía, donde fueron trasladadas las imágenes más importantes, enseres de culto y libros de la biblioteca. Actualmente el edificio acoge la sede del Instituto Cervantes de Gibraltar.