El convento se fundó el 25 de octubre de 1513 a a partir de la donación de la Ermita de Santa Catalina por el Obispo de Málaga Diego Martínez Ramírez de Villaescusa, con el visto bueno del cabildo.

En 1540 los frailes realizan una permuta de terrenos, en los que intercambiaron la ermita, las viñas, olivares y censos que poseían, por unas casas en la Plaza de San Sebastián, propiedad del alcaide Diego de Narváez y Rojas, Caballero de Santiga. Tanto éste cómo su hermano, Pedro Narváez, colaboraron en la construcción del nuevo convento, la cual se realizó en 1541. Diez años después, el citado Pedro Narváez ayudó a levantar la capilla mayor, cuya obra realizó el arquitecto Diego de Vergara.

El convento en su nuevo asentamiento ha sido llamado Convento de San Agustín, aunque en 1790 el Capítulo celebrado en Córdoba, se cita a esta casa con la antigua advocación de Santa Catalina.

El convento cerró debido a los decretos de exclaustración de Mendizabal, encontrándose completamente derruido en 1885 tras unos terremotos que ocasionaron graves desperfectos en Malaga y Granada.