El permiso para su fundación fue concedido el 28 de abril de 1603, sobre la antigua ermita de Santa Cecilia que mandara construir Don Juan Ramírez. Al fallecer poco tiempo después (por el año 1170) las obras estuvieron algún tiempo interrumpidas, quedando terminada en 1207. Fue trasladada a ella la imagen que encontrara, según la leyenda, un pastor y que posteriormente favorecería su devoción.

Sería proclamada patrona del entonces Rivas de Jarama. Durante décadas se le atribuyeron milagros.

Promovido por doña Beatriz Ramírez de Mendoza, condesa de Castelar, se construye el convento. El Padre Fray Juan Bautista del Santísimo Sacramento, se propuso introducir en dicha orden, una reforma semejante a la que en el siglo anterior había realizado en la de Carmelitas. Para conseguirlo recurrió a la influencia de la condesa, consiguiendo no sólo bulas papales para llevarlo a cabo sino también la ocupación de una residencia familiar, junto a la ermita de Santa Cecilia, para llevar a cabo la observancia de los religiosos de la Merced (1603).

Seis fueron los religiosos que lo iniciaron. En su interior se hallaban habilitadas habitaciones para 40 religiosos y dependencias para la acogida de devotos que por allí quisieran pernoctar. Además disponía una biblioteca y tres capillas de distinto tamaño una de ellas dedicada al santo Cristo de los Afligidos. Fue el primer recogimiento de los reformados de la orden de la Merced en Castilla.

En 1628 se termina de edificar su iglesia. En 1774 contaba con 33 religiosos que debían reducirse a 14, con 52.700 reales. Subsiste el convento y diez años después lo ofrecieron los patronos a los Calzados. La vida del monasterio fue tranquila a pesar de la dureza de su situación pues, las donaciones de la condesa y su familia no fueron abundantes, poco a poco iría decayendo hasta que el 27 de septiembre de 1837 se produjese la exclaustración con motivo de las medidas desamortizadoras de Mendizábal.

En abril de 1843, ante el escribano de la villa de Mejorada Juan Fernández, el alcalde constitucional de Rivas dio posesión al apoderado del Duque de Rivas, D. José Manuel del Río, del Convento de Santa Cecilia y sus posesiones, haciendo valer el acta fundacional y las condiciones que impuso la Condesa.

Aquel viejo convento es en la actualidad propiedad de los Duques de Rivas y alberga en su interior la ermita del Cristo de Rivas. En la entrada Principal hay una imagen de Santa Cecilia. Destaca en su interior la talla del Cristo de los Afligidos, hecha por el artista vallisoletano Juan Rodríguez, discípulo de Gregorio Hernández, un cuadro del mismo y una talla de Nuestra Señora de la Merced.