En el año 1225 llegan a Andújar un grupo de mujeres procedentes de Pamplona con la intención de fundar un beaterio. Lo harían bajo la advocación de Santa Inés y dentro de la Tercera Orden franciscana.

Mantienen esta organización hasta medidados del siglo XV. Exactamente en 1450 adoptan la regla clarisa y toman la nueva advocación de Santa Clara.

Durante los siglos siguientes se realizan ampliaciones y obras en el convento que vienen influidos por los proyectos de mejora del municipio de Andújar, especialmente en el siglo XVII.

Las religiosas de Santa Clara lograron salvarse de los conflictos bélicos de inicios del siglo XVIII y también del XIX aunque las politicas de exclaustraciones iniciadas con Medizabal las afectaron de pleno y llevarían a la disolución de la comunidad y el cierre del convento.

Concretamente en 1836, con la aplicación del decreto del 9 de marzo, las monjas de Santa Clara fueron expropiadas y expulsadas de su residencia.

Las clarisas no regresarían a Andújar, quedando repartidas de forma definitiva, en otros conventos de la orden.