El convento de Santa Clara de Borja en la provincia de Zaragoza, fue fundado el 30 de abril de 1603 por iniciativa del propio concejo y consejo de la ciudad. Sus cuatro madres fundadoras procedían del convento de Santa Catalina de Zaragoza.

En un principio, las religiosas fueron alojadas en unas casas que había cedido el Justicia de la ciudad, pero, a causa de desavenencias que surgieron, se decidió levantar un nuevo convento sobre el cementerio de la parroquia de San Miguel, frente a sus hermanos franciscanos y, que fue edificado por el maestro Juan de Mendizábal.

El 8 de mayo de 1609, la comunidad religiosa se trasladó a su nueva y definitiva ubicación.

Hasta el año 1647, la comunidad de clarisas utilizó como iglesia conventual la parroquia anexa de San Miguel. Sin embargo, las frecuentes tensiones que mantuvo con el cabildo de la colegiata de Santa María, por este doble uso, llevaron a las religiosas a edificar, en ese mismo año, un templo propio de reducidas dimensiones.

Años más tarde, en 1687, solicitaron la cesión de la ermita de San Sebastián "el Nuevo", sede de la cofradía homónima y que, en virtud de los acuerdos alcanzados, tras la reedificación que realizó el maestro José Barbod, siguió teniendo como titular a San Sebastián.

Las vocaciones comenzaron a florecer con tal abundancia que en 1750 llegaron a ser 50 religiosas y fue necesario hacer más celdas y dependencias.

En 1977, ante la ruina del edificio, fue necesario vender parte de la huerta y derribar parte del mismo, restaurando las actuales instalaciones.

La comunidad de clarisas de Borja, actualmente, rejuvenecida por la llegada de religiosas mejicanas , desde 1990, componen una comunidad de once hermanas que continúan en activo.

El 18 de agosto de 2006 fue hallado el archivo conventual, escondido detrás del frontal de una capilla del interior de la clausura conocida como “capilla de Egipto”.