El monasterio se fundó a las afueras del pueblo de Belorado, en una zona conocida como la Bretonera que daría nombre a la casa. Existía una comunidad de mujeres piadosas que, en torno a 1358, piden autorización para acogerse a la regla de Santa Clara.

En 1446 se funda en el mismo pueblo el Convento de San Francisco que pertenecía a la Tercera Orden. Su patrocinador, Lope de Salinas, apoyado por el conde de Haro, se esfuerza por apoyar también a la comunidad femenina logrando para ellas la bula papal que las otorga el derecho de vivir bajo la regla de Santa Clara. Esto ocurriría en 1460.

En el siglo XVI el convento, ya antiguo, se encuentra en un estado lamentable. Gracias a las hijas del Condestable de Castilla, doña María de Velasco y su hermana doña Inés, que entregarían a la casa sus dotes y joyas, logran las religiosas reconstruir gran parte del convento y la iglesia.

También el Obispo de Burgos, Luis de Acuña, favorecería a la comunidad promoviendo obras de ampliación sobre el convento y recuperando posesiones del monasterio que se daban por perdidas.

Reciben, además, el apoyo y una importante herencia de un mercader del pueblo que residía en Medina del Campo, Simón Ruíz Embito. En vida les entregó numerosos donativos y al morir les dejó la cantidad de 40.000 maravedíes.

Con estas ayudas la riqueza del monasterio crecía y la comunidad se afianzaba. Aunque el número de monjas en la casa no solía superar las veinticinco, existen datos de que en el año 1739 residían en el edificio hasta treinta y una monjas profesas.

La comunidad se encontró con algunos problemas entrado el siglo XIX. Durante la Guerra de Independencia las religiosas se vieron obligadas a abandonar el monasterio. Al regresar comprobaron que la casa había sufrido numerosos daños aunque lograron recuperarse. Reconstruyeron las zonas dañadas gracias a los donativos.

Los decretos de exclaustración de Mendizabal de 1836 y los de Madoz de 1855 apenas afectaron al monasterio. Su ubicación y la dependencia de la casa de las instituciones religiosas del Pais Vasco, evitaron que la aplicación de estas leyes les tocaran.

Gracias a las numerosas rentas y haciendas que poseía el monasterio ha sido posible que lleguen en tan buen estado a la actualidad y lo convierten en un caso particular.

Hoy en día la casa sigue estando habitada por religiosas clarisas que se mantienen, además, gracias a sus trabajos en la elaboración y venta de dulces y chocolates y las donaciones que reciben.