Este convento, uno de los más antiguos de Ciudad Rodrigo, se localizó en un primer momento en el arrabal de la ciudad, junto al río Águeda, en la zona conocida como Piélago de las Monjas.

Según las cartas pontificias del papa Inocencio IV datadas en 17 de abril de 1244, se confirmaba la exención concedida por el obispo de Ciudad Rodrigo y su cabildo a las religiosas de la Orden de San Damián de Asís y del convento de Sancti Spiritus de Ciudad Rodrigo, fechada en 30 de abril de 1240. Dicho privilegio puede tomarse como referente de la fundación de este cenobio, aunque en tal documento aparece el referido convento debidamente formado y establecido, de modo que es posible suponer que ya llevaba algunos años de existencia y funcionamiento. Según el Padre José de Santa Cruz (cronista franciscano de la Provincia de San Miguel del siglo XVIII), la fecha de fundación del cenobio de Sancti Spiritus de Ciudad Rodrigo se situaría aproximadamente en 1230, aunque no se sabe con certeza.

Se conoce que fue fundado en vida de Santa Clara, por las comendadoras de Sancti Spiritus de Salamanca. Sin embargo, según los testimonios de Antonio Sánchez Cabañas, historiador extremeño de Ciudad Rodrigo, y Mateo Hernández Vegas, Canónigo Penitenciario de la Catedral mirobrigense, fueron dos discípulas y compañeras de Santa Clara las que fundaron este convento.

En origen las religiosas vivieron en el instituto y asperezas de la Madre Santa Clara, con el título de encerradas y, al seguir el ejemplo de la Santa, que habitó en el convento de San Damián, recibieron el nombre de Damianitas y Orden de San Damián de Asís.

Inicialmente el convento recibió la advocación del Espíritu Santo, como consta en la citada bula de Inocencio IV datada en 17 de abril de 1224. Al ser canonizada la Santa de Asís se modificó el nombre del cenobio por el de Santa Clara. La primitiva comunidad se componía de 60 religiosas, que se vieron obligadas a trasladarse al convento de Santa Cruz de Corte de Ángeles (abandonado por religiosos agustinos que pasaron a otro edificio del interior de la ciudad), debido a la ruina que sufrió su cenobio a causa de una crecida del río (siglo XIII).

A lo largo de su historia, el convento de Santa Clara de Ciudad Rodrigo se vio afectado por diferentes adversidades que provocaron la destrucción de sus dependencias, además de la pérdida definitiva de gran parte de la documentación que custodiaba. Siendo rey de Castilla Alfonso X "El Sabio", se vio afectado por un incendio, y en los primeros meses de 1370 fue arrasado por las tropas de Enrique II de Trastámara. En los siglos posteriores sufrió los efectos de las numerosas guerras que afectaron a Ciudad Rodrigo, atravesando una época de gran paralización que siguió a la etapa previa de desastres. Durante el siglo XV el convento se recuperó paulatinamente, comenzando entonces su restauración.

En el siglo XVI (aproximadamente en 1566), la comunidad de religiosas de Santa Clara se reintegró temporalmente a su convento salmantino de origen, dada su contradicción a la observancia de los decretos tridentinos relativos a la clausura (acogían a las hijas de los vecinos para su educación durante un corto periodo de tiempo), su resistencia a los mandatos del obispo Bernardo Sandoval y Rojas, y a causa de los incidentes que ello provocó. Posteriormente las religiosas regresaron al cenobio mirobrigense.

Tras 1567 se llevaron a cabo importantes reparaciones en el edificio, pero llegado el siglo XVIII, con la Guerra de Sucesión, tuvo lugar la mayor ruina soportada por el cenobio. Fue tomado dos veces por asalto, quedando prácticamente destruido en su totalidad: el 21 de mayo de 1706 fue capturado por las tropas del Archiduque Carlos, y el 23 de septiembre del mismo año fue recuperado por las huestes de Felipe V. En los años que siguieron al conflicto se emprendió una gran reforma de las dependencias del convento. Dicha obra fue efectuada por los arquitectos Juan de Sagarvinaga y Ventura Muiños, y culminó en 1787. La mayor parte de lo que actualmente se conserva del edificio procede de la citada reforma, así como algunos restos datados en el siglo XVI.

También durante la Guerra de Independencia el convento se vio afectado por los bombardeos que padeció la ciudad, siendo asaltado hasta en dos ocasiones. En los siglos XIX y XX su comunidad de religiosas experimentó grandes necesidades y pobreza, aunque logró superar las dificultades y sobrevivir a los efectos de la Guerra Civil, continuando su existencia hasta nuestros días.

Al convento se accede a través de un espacio porticado sobre el que se disponen escudos de la orden franciscana. En su interior destacan las escaleras pétreas que unen los dos pisos.

El templo presenta una planta compuesta por una sola nave dividida en tres tramos cubiertos con bóvedas de cañón con lunetos, al igual que la capilla mayor, y crucero que se cierra con una cúpula sobre pechinas. A los pies de la iglesia se dispone el coro, dividido en bajo y alto.

El retablo mayor fue ensamblado por el ebanista Gumersindo Lagar, padre del pintor Celso Lagar, hacia 1900.