El convento de Santa Clara de Molina de Aragón, en Guadalajara, se localiza a los pies del Castillo, en la parte más alta de la ciudad. Se origina en el S.XVI y actualmente, está en activo.

Su templo, un ejemplo del estilo de transición de románico-ojival, precede a la construcción del convento. La mayoría de los estudiosos apuntan al S.XIII, como momento de construcción.

El convento de Santa Clara se comienza a edificar en las cercanías de este templo románico, en 1537 por orden y patrocinio de D. Juan Ruiz Malo de Molina, Contador y caballero de Molina. Tras cuarenta años de abandono, prosigue la edificación Pedro Malo de Heredia, sobrino de Juan Ruiz. Que además solicita al entonces obispo de Sigüenza, la ermita de Santa María para uso del convento. El obispo otorga la ermita para su uso y la entrega a perpetuidad a esta familia para que sea utilizado como panteón.

De esta manera su advocación pasa a ser de Santa Clara. El convento se finaliza en 1581, para unos historiadores , en 1584 para otros, así a finales del siglos XVI sería ocupado e inicia su actividad con cuatro monjas procedentes del convento de Huete, Cuenca, pasando a depender de la jurisdicción de la provincia franciscana de Cartagena . Su primera abadesa sería, Ana Godoy.

Hasta el S.XVIII, la mayoría de las religiosas que profesan proceden de las mejores familias de Molina y su señorío, pues la dote que se exigían para ingresar era muy alta. Desarrollan su actividad gracias a este patrimonio recibido y a los distintos privilegios y exenciones de los que disfrutan.

Según estudios, las religiosas que procesan en épocas posteriores son de muy diversos puntos y el número se reduce.

Sufren los avatares políticos e históricos del país, una primera exclaustración durante la Guerra de la Independencia (1808-1814) y una segunda en 1835, con la Desamortización de Mendizábal.

Recuperan la actividad, desconocemos la fecha, pero sabemos que en1876-1899 viven un período de recuperación pues, es el momento con el que mayor número de religiosas cuenta.

El templo, en origen, con advocación a Santa María se le adhiere el nombre de su patrón y benefactor D. Pero Gómez, primo y mayordomo de Dña. Blanca quinta Señora de Molina. En el S.XVI se le une la parroquia de San Martín y su función será la de ermita. Y al se cedido como iglesia para el convento, cambia su advocación.