Convento fundado en 1428 (ratificado por Bula papal de Martín V el 16 de noviembre) por D. Gómez I Suárez de Figueroa (I señor de Feria) y su esposa, Dª. Elvira Laso de Mendoza, bajo la advocación de Santa María del Valle (patrona de la ciudad de Écija, lugar de procedencia de D. Lorenzo I Suárez de Figueroa, padre de D. Gómez). Sus objetivos eran satisfacer las vocaciones de sus dos hijas, Isabel y Leonor (quienes anhelaban vestir los hábitos) y erigir una iglesia que sirviera de panteón familiar.

Para la correcta consecución de la empresa, fueron solicitadas religiosas del convento de Santa Clara de Tordesillas (Valladolid) las cuales, presumiblemente, se alojaron en alguna vivienda particular hasta la finalización del edificio.

En 1429, viendo próxima su muerte, el señor de Feria otorgó en su testamento la quinta parte de sus bienes a la erección del convento, el cual comenzó a ser levantado en 1430 bajo la bendición de fray Juan de Morales (obispo de Badajoz). Aunque las obras de los espacios esenciales finalizaron en 1454, sucesivas reformas y ampliaciones prolongaron la construcción hasta 1625. Y es que, si en principio el cenobio había sido concebido para acoger a veinticinco religiosas, desde el último cuarto del s. XVI vio crecer sus filas, llegando albergar setenta clarisas a principios del s. XVII (tal y como atestigua el número de asientos fabricados para el coro).

Salvo el acogimiento de la ceremonia de designación de D. Lorenzo II Suárez de Figueroa (hijo de D. Gómez) como I conde de Feria por el rey Enrique IV en 1460, y el traslado de cinco hermanas para hacer efectiva la fundación del convento de la Madre de Dios de Constantinopla de Rejas (Madrid) en 1469, poco más puede aportarse sobre el devenir de este convento. Presumiblemente, como otros cenobios de la localidad, fue afectado por la desamortización de Mendizábal, pero se desconoce el dato. No obstante, de lo que sí se tiene constancia es de que, como señala Madoz en su Diccionario, las leyes de exclaustración motivaron que las comunidades zafrenses de los conventos de Santa Cruz y Santa Marina se fusionaran con el de Santa Clara a finales de los años treinta del s. XIX.

En la actualidad, la comunidad continúa en activo en su emplazamiento original.

La capilla mayor del templo, finalizado en 1454, atesora las esculturas funerarias D. Lorenzo II Suárez de Figueroa (I conde de Feria), su mujer y D. García Laso de la Vega (hermano del primero), todas ellas atribuidas a Egas Cueman.

Así mismo, en la epístola de la propia iglesia se encuentra la capilla funeraria de D. Lorenzo IV Suárez de Figueroa y Córdoba (II duque de Feria), construida en torno a 1616 y dedicada a San Raimundo de Peñafort. Junto a esta se encuentra la pequeña capilla de las Reliquias, la cual alberga una espléndida colección de relicarios recopilados en 1.603 por el mecionado duque de Feria y su madre.

En 2007, con apoyo del Ayuntamiento y de la Diputación de Badajoz, fue inaugurado el Museo Santa Clara de Zafra, el cual ocupa la iglesia y sacristía conventuales, la enfermería nueva y una serie de espacios de tránsito. Se encuentra integrado en la Red de Museos de Extremadura.