El 29 de marzo de 1573, Isabel Vázquez viuda de Diego de Aldana, alcaide del castillo de Huelma, comparece con Fray Juan de Paz, prior del Convento de Nuestra Señora de la Esperanza, ante el escribano de Huelma Alonso Fernández de Baeza, para dejar fé de una escrituras con fechas de 7 y 12 de marzo, en que Isabel Vázquez donaba unas casas de Huelma a los agustinos asentados en Cazalla. A cambio de esta donación, los frailes se mudarían del convento de Nuestra Señora de la Esperanza a Huelma, dónde se establecerán en las casas donadas por Isabel Vázquez, y construiran una iglesia, que serviría de enterramiento para su marido y familiares y un nuevo monasterio. El nuevo convento iba a ser conocido cómo Convento de Santa Isabel, en honor a su fundadora.

En 1577, la heredad de Cazalla es vendida a los monjes basilios de Santa María de Oviedo, asentándose definitivamente en Huelma, dónde desarrollaron su vida monástica.

Famoso fué el pleito que mantuvieron los agustinos con el obispo Francisco Sarmiento para abrir un colegio-universidad en Jaén. En 1585, el Convento de Santa Isabel fué una de las partes protagonistas de la disputa, ya que Marcelino Lebrija, principal promotor del futuro colegio, otorgó al prior de Santa Isabel, Alonso Carrillo, poderes para llevar a cabo la fundación, aún a espaldas del obispo. Esto desembocó en la excomunión de varios agustinos, aunque finalmente Roma dió la razón a la orden en 1587. Y este fué el año en que se estableció definitivamente el Convento de San Agustín en Jaén.

A principios del S.XIX, el convento tendrá que encarar múltiples problemas. En 1810, bajo ocupación francesa, el convento tiene que cerrar debido a la aplicación del Decreto de 18 de agosto de 1809 de José Bonaparte. La reapertura se produce en 1814, pero dura poco, ya que, tras la sublevación de Riego, y por decreto de octubre de 1820, se ordena la clausura de los conventos y monasterios con menos de 24 frailes, en ese momento Santa Isabel de Huelma contaba con tan sólo 3 frailes. La última etapa se sucede tras la nueva reapertura de 1823. El convento intenta sobrevivir aceptando a nuevos monjes, pero ya no sobreviviría a la labor de Mendizabal, así en 1835, el Real Decreto de 25 julio, pone punto y final a este convento, pasando sus escasos bienes a ser gestionados por la Real Hacienda.