Los diputados del Reino de Aragón, resueltos a afianzar el culto y a mantener viva entre sus paisanos la memoria de Santa Isabel, infanta que fuera hija del rey Pedro III de Aragón y luego reina de Portugal por su matrimonio con el monarca luso Dionís, acordaron en Cortes celebradas en el año 1678 declarar festivo para todo Aragón el día que tenía asignado en el calendario litúrgico (4 de julio) desde su canonización en 1625 por el Papa Urbano III.

También acordaron construir una capilla en su honor, decisión que no se quedó en mera formulación de buenas intenciones. Muy al contrario, la Diputación del Reino pronto asumió la construcción de un hermoso templo, el que hoy se levanta en la zaragozana plaza del Justicia. El solar empleado pertenecía a los Padres Teatinos, quienes a cambio se asentarían en ella como iglesia conventual y se harían cargo del mantenimiento de su culto.

El entusiasmo y esfuerzos invertidos en la erección de la Real Capilla fueron grandes, pero la institución patrocinadora tenía tristemente los días contados. Con los decretos de Nueva Planta emanados del primer Borbón, Felipe V, la Diputación del Reino de Aragón quedó extinguida y la iglesia pasó a depender del patrocinio real, por Cédula del 2 de julio de 1798 , aunque siguió regentada por los teatinos.

Una nueva etapa histórica se inicia para el Convento de Santa Isabel en el marco de la modernización que comienza a experimentar España tras la muerte de Fernando VII. En 1835 se constituyeron de forma estable las Diputaciones Provinciales, entre ellas, naturalmente, la de Zaragoza. En el mismo año comienza la desamortización de bienes eclesiásticos promovida por el ministro Mendizábal. La comunidad teatina, extinguida durante la Guerra de la Independencia pero reinstaurada en 1814, fue de nuevo suprimida.