La primera noticia documentada de este monasterio es de 1219. En 1666 Marcos Quesada, prior del convento, escribe que fue fundado en el S.XIII religiosos venidos de Italia de la Congregación de la Penitencia de los Mártires de Cristo. Se piensa que esta orden era una de las múltiples variantes de los agustinos ermitaños.

En 1332 el papa Juan XXII promulga una bula a favor del convento por el que se conceden indulgencias a quienes visitaran la iglesia conventual en determinados días.

En 1531 el Papa Clemente VII da a la comunidad del convento, la facultad de elegir a su propio prior, así en 1534, fray Álvaro Pérez de Sarria es nombrado prior vitalicio del convento. A partir de este momento el convento goza de bastante autonomía. En 1568 esta situación fue rota al obligarse a la comunidad a aceptar la observancia de la orden de San Agustín. En un primer momento fueron desalojados del convento al no querer renunciar Álvaro Pérez a su condición de prior vitalicio, pero finalmente la situación fue regularizada y los frailes regresaron al convento, aunque fueron desposeidos de gran parte de sus bienes.

En 1835 el convento cierra debido a la implantación de los decretos de exclaustración de Mendizábal. Tras la exclaustración el convento fue convertido en cárcel, hasta que en 1896 el convento fue ocupado por los mercedarios.