El monasterio se fundó en la segunda mitad del siglo XVI con el título de la Penitencia "para el recogimiento de mujeres de las que andan por el mundo ofendiendo a Dios Nuestro Señor"; tal y como dice su escritura fundacional, situado en el núcleo del primitivo Jaén.

Así bajo el mandato del obispado de Diego de Tavera Ponce de León (-1560) se instituyó una cofradía para recluir mujeres en un colegio o Casa de Probación que se edificó junto al convento con los bienes de Alonso de Mires.

Las tropas francesas deterioraron gravemente el edificio, siendo muy sufrida la bóveda de media naranja que cubre el presbiterio. Tras la contienda se realizaron obras para impedir el derrumbe del edificio.

La desamortización de 1820 despojó el cenobio de sus posesiones. Con la llegada de la guerra civil, el capellán José Ortega fue fusilado y las monjas volvieron a las casas de sus familiares. El convento fue requisado para convertirse en cárcel militar tras la inutilización de la catedral de Jaén para alojar aquellos presos que fue imposible alojar en la Prisión Provincial. Se destruyó el retablo y varias imágenes.

En 1943 se devolvió el monasterio a las monjas, quedando inscrito en el Registro de la Propiedad de Jaén a nombre de la comunidad de madres agustinas en 1976.

En 1980 se acontecieron obras. El convento lleva cerrado desde 1998, actualmente está vació pero pertenece a las Agustinas de Villafranca de Bierzo, convento al que se trasladaron las dos monjas ancianas que quedaban en 2009

Antes cerrar el convento, donaron la imagen de Santa Rita a la parroquia de la Magdalena. El estado actual es muy deteriorado.

En el patio posterior, con un jardín, se conservan restos de columnas y sillares del siglo VI. Su balaustrada se conserva algunas yeserías musulmanas; y en los muros pueden adivinarse pinturas primitivas, al parecer de reyes cristianos, y alguna lápida