El convento de Scala Coeli fue fundado por el dominico Álvaro de Córdoba, reformador de la orden de los dominicos que sería beatificado por Benedicto XIV en 1741, tras regresar de un viaje por Tierra Santa entre los años 1418 y 1420. Esta fundación se realizó gracias a la compra, realizada el 13 de junio de 1423 por el propio Álvaro de Córdoba, de la Torre Berlanga. Allí estableció su idea de religiosidad reformada e instauró, inspirado en la Vía del Calvario, que había visitado en Tierra Santa, una serie de oratorios que representaban el Via Crucis de Cristo, inaugurando así esta tendencia en Europa.

El 4 de enero de 1427, Álvaro de Córdoba es elegido superior de la reforma, mientras la importancia de Scala Coeli comienza a afianzarse, llegando a obtener el estatus de priorato en 1434. Scala Coeli también sería un convento de que surgirían otras fundaciones, ya el papa Martín V había autorizado a Álvaro de Córdoba a fundar seis conventos. Así pues en el capítulo provincial de 1464, se encarga a Scala Coeli la fundación y puesta en marchas de nuevas casas en Doña Mencía y Chillón, también fundarían en Sevilla Santo Domingo de Portaceli.

En 1530 se produjo una ruptura en la comunidad de Scala Coeli, ya que, parte de ésta se trasladó al antiguo convento cisterciense de los Santos Mártires, aduciendo la insalubridad de Scala Coeli, y parte se mudó al de San Pablo, al no estar de acuerdo con el traslado a los Santos Mártires, quedando Scala Coeli vacío. Este hecho produjo varias fricciones entre ambas partes y dejó desahabitado el convento de Scala Coeli durante unos años, hasta que en 1535, el maestro general de la orden, fray Juan de Ferrario, otorga validez canónica al convento de los Santos Mártires y compensa a Scala Coeli con una pequeña renta, cuyas riendas serían tomadas por fray Luis de Granada, que refunda el convento ese mismo año. En esta segunda etapa se emprenden reformas del edificio, además de llevarse a cabo la construcción de una nueva iglesia durante el siglo XVII

El fin de la vida del convento llegó en 1835, cuando éste fue suprimido por los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.