San Acisclo y Santa Victoria, fueron dos hermanos que según la tradición, fueron apresados y martirizados a principios del siglo IV, siendo emperador Diocleciano. Cuenta también la tradición que fue el 17 de noviembre cuando murieron los hermanos, decapitado Acisclo y asesinada por flechas Victoria y siendo enterrados sus cadáveras a orillas de Guadalquivir. En el supuesto lugar del enterramiento se alzó una iglesia para dar culto a los mártires. El 29 de junio de 1236 se produce la conquista de Córdoba por Fernando III, que entrega la iglesia a la orden del císter para que instituyan un convento cuyo nombre sería el de los Santos Mártires.

En el año 1530, frailes dominicos del convento cordobés de Scala Coeli, se instalan en el convento de los Santos Mártires, que había sido abandonado por los cistercienses pocos años antes, y fundan una nueva casa. Contaron con el beneplácito del obispo fray Juan de Toledo, y obtuvieron una bula papal de Clemente VII, de 28 de abril de 1531, que autorizaba la fundación, ésto provoca una intensa disputa con el resto de religiosos de Scala Coeli, que al no estar de acuerdo con mudarse a los Santos Mártires, abandonaron el convento de Scala Coeli para irse al de San Pablo. El problema no alcanzó solución hasta 1535, cuando el maestro general de la orden, fray Juan de Ferrario, dio validez canónica al convento de los Santos Mártires y compensó con una pequeña renta al de Scala Coeli, que era refundado por fray Luis de Granada.

Un suceso notable de positivas consecuencias en la vida del convento fue la visita que realizó el monarca Felipe II en 1570. Éste y su séquito pasaron de rodillas hasta la capilla sepulcral de San Acisclo y Santa Victoria, los dominicos, en agradecimiento al gesto, entregaron al rey parte de las reliquias que aún a día de hoy continúan en el Real Monasterio de San Lorenzo del Escorial. En 1575 el concejo pidió permiso a Felipe II para llevar a cabo obras de reedificación del convento. El permiso fue concedido, además el obispo, fray Juan de Toledo, colaboró económicamente con estas obras y pidió a los fieles que también lo hiciesen.

En el siglo XIX el convento cerró sus puertas tras atravesar dos periodo de exclaustración, el primero de ellos durante el Trienio Liberal, entre los años 1820 y 1823, cuando se aplicó la Ley sobre monasterios y conventos. Con la restitución del poder de Fernando VII, los religiosos dominicos regresaron al convento, pero en 1835 fue definitivamente suprimido tras la aplicación de los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.