El Convento de la Asunción de Burceña fue fundado el 4 de mayo de 1384 por el Conde Fernán Pérez de Ayala y su hijo heredero Pero López. Para ello donaron a la militar Orden de Redención de Cautivos y, en su nombre al Licenciado Lorenzo de Montenegro, la iglesia que dicho Conde edificó con anterioridad y el sitio del Convento con algunas tierras y montes. El año de 1487 hizo el Convento donación del Patronato al Caballero Pedro Salazar.

Se desconoce el número de monjes que había en un principio, se cree, según las fuentes que, sería una pequeña comunidad cuyas actividades serían desde el primer momento el culto y la recolección de limosnas para la redención de cautivos y la atención espiritual a los habitantes de las cercanías. Las propiedades primitivas se irían incrementando con casas, molinos y otras donaciones.

En 1573 el Comendador de Burceña autoriza la fundación del Beaterio de Mercedarias de Ibarra (Orozco).

En 1577 cuenta con un mercedario ilustre, Fray Miguel de Alonsótegui, que fue Comendador y autor de la Crónica de Vizcaya y varias obras espirituales. En 1588 empiezan los primeros problemas con los Trinitarios vecinos en la localidad, por la exclusividad de la recogida de limosnas en el Señorío de Vizcaya. Los Trinitarios empiezan a venir a Vizcaya en el último cuarto del siglo XVI. Esta orden se dedicaba también a la redención de cautivos y comienza a recaudar limosnas por los pueblos para dicho fin. Los mercedarios se ven obligados a recurrir al señorío de Vizcaya para hacer valer sus derechos.

El Comendador mercedario de Burceña demuestra que tenían la exclusiva, por lo que el Señorío se ve obligado a prohibir la recogida de limosna a los Trinitarios. Los Trinitarios nunca llegarían a acatar del todo dicha prohibición, sino que, por el contrario, esperan una temporada, y luego vuelverían a estas prácticas. Esto será motivo de un segundo conflicto en 1672.

El 19 de marzo de 1621 los Mercedarios de Burceña acuden a la fundación del convento de la Merced de Bilbao. Era el único convento de mercedarios del Norte de España, y todas las monjas de dicha zona geográfica tenían que hacer aquí la dotación y capitulación (documentos para fundar un convento). Otro hecho que resalta la importancia de los mercedarios en Burceña sucederá el 6 de octubre de 1644. Los funerales de la Reina doña Isabel de Borbón, esposa de Felipe IV, se celebran en Bilbao, y en ellos predican los mercedarios de Burceña.

En 1789 hay una recopilación de los datos del archivo del monasterio por parte del comendador padre Lépido. Se cree que son seis libros. Y se documentan hechos como que, en 1794, cinco años después de la Revolución Francesa en Vizcaya se habían refugiado más de cien monjas y frailes franceses, por lo que el clero estaba deseando una vuelta a las raíces absolutistas para poder regresar a su país. Este ambiente influye en los Mercedarios, y en otros conventos, que tomarán partido en la lucha. El 10 de agosto, 8 religiosos de Burceña se ofrecen a tomar las armas contra los revolucionarios franceses que hacían incursiones en la zona. Esto tendrá consecuencias nefastas para el futuro del monasterio. El servicio de información francés se hace con este dato y años después cuando entran en España, llegan directamente a arrasar el convento.

Sufriría las consecuencias de la Desamortización de Mendizábal, pero se apunta al 15 de diciembre de 1836 como fecha de destrucción definitiva del Monasterio, en el marco de la guerra carlista.