Convento de fundación y patrocinador desconocidos. Únicamente se dispone de datos dispersos que permiten esbozar parte de su historia.

El testimonio más antiguo del que se dispone hace referencia a mediados del s. XVIII, pues según el catastro realizado por el marqués de la Ensenada, en Alburquerque existía un "convento de Religiosas Isabelas" compuesto por veintidós hermanas. Gracias al "Interrogatorio de la Real Audiencia de Badajoz, Partido de Badajoz" ejecutado en 1791, puede asegurarse su continuidad a finales del s. XVIII, aunque en esta ocasión aparece registrado como "convento de Monjas Franciscanas de Santa Isabel".

No será hasta 1832 que volverá a tenerse noticias de él, cuando las "Actas de Santa Visita" realizadas con motivo de la "Visita Pastoral" efectuada en la villa bajo el episcopado de D. Mateo Delgado Moreno, vuelven a constatar la pervivencia del cenobio.

Sin embargo, en enero de 1838 el convento se encontraba clausurado como consecuencia del proceso desamortizador de Mendizábal, hecho recogido en la petición solicitada por D. Manuel de Osma y Huertos (arcipreste de Alburquerque) en relación al cenobio y la posible aplicación del artículo 22 del Real decreto de 9 de marzo de 1836, en el que se especificaba que "los ordinarios podrían, con la aprobación del gobierno, dedicar a parroquias las iglesias de los conventos suprimidos que fueran necesarias"; de este modo, el templo anteriormente adscrito al conjunto conventual pasó a ser empleado como ayuda de parroquia.

En 1845 Madoz lo cita en su Diccionario, indicando de él que "había pasado a propiedad particular".

En la actualidad no se conservan restos del cenobio; de hecho, se desconoce tanto su antigua ubicación como su fecha de derrumbe.

En 1938, D. Manuel de Osma y Huertos (arcipreste de Alburquerque) dio a conocer el "inventario de los vasos sagrados y demás efectos pertenecientes al culto divino que se hallaban en la iglesia del suprimido convento de monjas" en el cuestionario remitido al obispado en relación a la aplicación del artículo 22 del Real decreto de 9 de marzo de 1936.