En 1609, tres religiosos franciscanos que acudieron a Alfaro a predicar su doctrina, motivaron el ingreso en la Orden de no pocos vecinos. Entre ellos se encontraban cuatro viudas pudientes oriundas del lugar que, por propia iniciativa, se trasladaron al hogar de una de ellas (probablemente situado en la actual Plaza de las Cuatro Esquinas) y se dedicaron a la oración y la penitencia.

Sin embargo, poco tiempo después solicitaron a fray Diego de Yepes (obispo de Tarazona) licencia para constituirse en convento y hacer vida en clausura. Aunque el permiso fue concedido, el obispo nombró a D. Pedro Martínez de Muro (abad de la cercana Colegiata de San Miguel) supervisor de dicha fundación, la cual se hizo efectiva el 20 de octubre de 1613, cuando tres religiosas procedentes del Monasterio de San Luís de Burgos se unieron a la comunidad; por este motivo, el nuevo cenobio fue denominado "Monasterio de San Luís de la Orden de la Purísima Concepción". Pero este título permaneció poco tiempo pues como, desde un principio, las hermanas predecesoras habían profesado la Regla e Instituto de la Purísima Concepción, sus sucesoras consideraron conveniente suprimir el nombre del Santo, denominándose desde entonces "Convento de la Purísima Concepción" o, más habitualmente, "de la Inmaculada Concepción".

Dos años después, el recinto donde habitaban se encontraba en tal punto de ruina, que la comunidad se planteó la disolución o traslado a otros conventos. No obstante, intercedió Dª Luisa Bonifaz (hija del alfareño D. Gaspar Bonifaz, Comendador de Castilla) donando una manzana de viviendas y una renta anual permanente, no sin antes exigir los derechos de Patronato sobre el convento y tres sillas de religiosas de coro (acuerdos confirmados según escritura otorgada el 4 de abril de 1615).

No fue hasta 1639 que las religiosas concertaron la construcción del edificio que hoy ocupan, encargando el proyecto a D. Domingo Zapata. Pero este falleció de manera inesperada y las obras fueron paralizadas, aunque se tiene constancia de que en 1647 se verificó el traslado del Santísimo Sacramento del antiguo emplazamiento al nuevo (lo cual hace suponer que la comunidad se estableció en su residencia definitiva antes de que esta estuviera rematada).

Aunque se ignora la fecha concreta de finalización, se conocen ciertos datos que permiten concretar la data: en 1707 las obras se reiniciaron bajo la dirección de Antonio Olea pero, supuestamente, una vez más debieron ser suspendidas, pues se registra en 1731 a Juan Gil Liroz (maestro alarife) comprometiéndose a terminar en el plazo de un año la construcción del cenobio (que, según los planos conservados, solo presentaría rematados la mitad de los proyectos iniciados por Zapater y Olea). Ante semejante volumen de trabajo, resulta improbable que cumpliera el plazo prometido, por lo que únicamente podría apuntarse a la década de los años treinta del s. XVIII como probable fecha de finalización.

Poco más se conoce de este convento. Parece ser que Madoz hace alusión a él en su Diccionario, aunque no lo nombra explícitamente; tan solo señala la existencia de dos conventos en la ciudad, ambos con suficiente número de religiosas como para que pudieran permanecer abiertos según las disposiciones vigentes en aquel entonces. A continuación hace referencia a los conventos de frailes, indicando de ellos que fueron afectados por las leyes de exclaustración y que, por tanto, sus respectivas iglesias continuaban activas, no ocurriendo lo mismo con los cenobios. De este apunte y el anterior, puede conjeturarse que la comunidad de la Inmaculada Concepción pudo ser afectada por la Ley de 29 de julio de 1837 aunque, como en otros casos, solo en lo relativo a aquellas propiedades de las que obtenían rentas.