El origen de la creación del convento de capuchinos de Antequera parte de Jerónimo Matías de Rojas, regidor del cabildo de la ciudad, que tratando de obtener un hábito de orden militar ofreció una donación. Una real cédula de Felipe III prohibía este tipo de donativos a la hora de gestionar la obtención de un hábito bajo pena de vetar a la gracia al donante y a toda su familia, por ello recurrió a la ayuda de fray Severo de Lucena, cuyo hermano Sebastián de Tobar pertenecía al Consejo de Guerra. A cambio de Sebastián Tobar interviniera en su problema, Jerónimo Matías prometió crear un convento capuchino en Antequera. Finalmente a través de Tobar, el duque de Lerma consiguió una reunión entre fray Severo de Lucena y Felipe III, que accede a no castigar a Jerónimo Matías.

Cumpliendo lo prometido a Severo de Lucena, Jerónimo Matías se dirige al Cabildo y logra la autorización para llevar a cabo la fundación. Dos regidores eligen el lugar donde se ubicará el convento y este será la ermita de la Virgen de la Cabeza, de la que toman posesión los capuchinos el 15 de agosto de 1613, siendo el primer guardián del convento Severo de Lucena. No obstante, Juan del Castillo y Padilla, el propietario del cortijo donde se ubicaba iba a ubicar el convento, no se mostró de acuerdo con la realización de la obra pero Severo de Lucena logró convencerlo y solventar la situación.

Mientras las obras eran realizadas, los frailes se alojaron en la construcción para albergaba a los ermitaños que visitaban la ermita. Y aunque las obras terminaron en 1617, diez años el edificio comenzaría a mostrar signos muy preocupantes de ruina. Tras varias deliberaciones se pide a la ciudad en el primer cabildo de 1633, el traslado a otro convento, la ciudad accede a dar un donativo para el traslado, pero a cambio de que la comunidad obtenga el permiso real. Con el permiso del obispo de Málaga, dado el 24 de enero de 1633, y una provisión real que presentaron al corregidor el 8 de marzo de 1634, lograron la autorización para obtener el donativo siempre que abriesen diligencias con seis testigos que jurasen sobre el mal estado del primer convento.

En noviembre de 1634 se habían mudado casi todos los frailes a unas estancias provisionales mientras las obras llegaban a su fin. Pero el desarrollo de las obras fue tremendamente lento, hasta el punto de que el 5 de mayo 1645, fecha en que se realizó el capítulo provincial de Antequera, el convento no había sido terminado. Para agilizar las obras los regidores y hermanos Sebastián y Juan de Uribe Montehermoso propusieron sufragar el resto de las obras a cambio de ser patronos del convento, firmándose la escritura el 30 de octubre de 1645.

En 1648 el convento mantuvo un pleito con los arrendadores de rentas de Antequera que no respetaban la exención de impuestos indirectas de la que gozaba el convento a la hora de comprar carne o pescado. Finalmente una provisión real de 26 de octubre de 1648 dio la razón a los capuchinos. Un año más tarde los frailes sufrirían un problema aun mayor, ya que en 1649 un brote de peste llegó a Antequera y en esos años varios frailes fallecieron en el desarrollo de las labores de cuidado a los enfermos. En 1676 un nuevo brote causó estragos propagándose la enfermedad dentro de los muros del propio convento.

En 1656 se produce un cambio en el patronato del convento, convirtiéndose en los nuevos patronos Alonso de Bilbao Ayala y Arroyo y su mujer, consiguiendo asegurar el fin de las obras. Así, en 1681 se había terminado el pórtico y en 1684 el claustro, aproximándose así las obras a su finalización. Durante el s.XVIII la comunidad estaba plenamente integrada en Antequera y aunque sostuvo algunos pleitos por el suministro del aguo o por los usos de los campesinos y el gremio de alfareros, vivió un gran desarrollo, viendo aumentando el número de frailes de la comunidad y emprendiendo nuevas obras de reforma en el edificio.

En el s.XIX comenzó la decadencia del convento. En 1809 tuvo que cerrar sus puertas al aplicarse el Real Decreto de supresión de órdenes mendicantes de José I. El convento sufrió en esos años los destrozos provocados por los combates durante la Guerra de la Independencia. El 13 de abril de 1813 los frailes regresaron al convento, y aunque la ley sobre monasterios y conventos de 1820 hizo que la comunidad de Antequera aumentara de número a partir del realojamiento de frailes de otros conventos cerrados, en 1836 tuvo que cerrar definitivamente sus puertas tras los decretos de exclaustración de Mendizábal.