Los carmelitas descalzos se instalaron en Calatayud en el siglo XIII, algunos estudiosos hablan de que tuvieron una primera casa cerca de Huérmeda, en el término de Anchada. Otros sitúan la fundación en 1274 a partir de una donación de Ana Pérez de Liñán donde otorga a la orden bienes para edificar el convento dentro de la ciudad, frente al convento del Santo Sepulcro, aunque el traslado se realizó muchos años después. Lo cierto es que en documentos oficiales de la orden no aparece mencionado hasta 1354, pero es probable que la fundación tuviese lugar antes de 1330.

El convento gozó de un privilegio de Jaime II y su esposa Leonor, por el que concedieron una cantidad anual de sal a la comunidad carmelita. También la esposa del rey Alfonso V, María, concedió un privilegio al convento por el que se prohibía arrojar basura en las inmediaciones. En 1561 llegó a tener 12 frailes, cifra que se mantuvo en el año 1565. Durante el siglo XVII el edificio fue demolido para realizar una nueva construcción y habilitar el edificio para estudios de filosofía, la obra fue dirigida por fray Juan Jiménez y costeada en gran puerta por fray Juan de Zegama.

En el siglo XIX el convento sufrió distintos golpes hasta que su vida llegó a su fin. Primero durante la Guerra de la Independencia en la que el convento sufrió graves desperfectos y finalmente tras la exclaustración decretada en 1835 por Mendizábal, en la que el convento cerró definitivamente sus puertas.