El convento de San Francisco de Villanueva del Arzobispo fue fundado en 1584 sobre lo que fue la ermita de San Sebastián, habitada desde 1503 por religiosas franciscanas. Estas constituyeron un beaterio en el edificio erigido por el matrimonio conformado por Teresa Sánchez y Pedro García en el lugar que ocuparon sus casas, adosadas a la citada ermita. Cuando aumentó la comunidad, las religiosas se trasladaron a la ermita y en 1563 solicitaron la ayuda del obispado de Jaén para reedificarla, pues entonces se encontraba en estado ruinoso. En 1574, once años después de la solicitud de construcción, se derruyó el edificio y se inició la edificación de parte de la iglesia del nuevo convento en la antigua ubicación de la vieja ermita. Las obras finalizaron en 1584.

En los siglos posteriores el convento continuó su actividad, afrontando las dificultades económicas que lo afectaron. En 1624 la abadesa Ana de Patiño envió una petición de limosna al obispado de Jaén para reparar el edificio, que volvía a presentar problemas de habitabilidad. Y más adelante, a lo largo del siglo XVIII, se sucedieron diversos conflictos entre el obispado de Jaén y el empobrecido convento por la posesión de los diezmos.

El convento de San Francisco de Villanueva del Arzobispo se vio afectado por el periodo de la segunda exclaustración, entre los años 1820 y 1823. Con el comienzo del Trienio Liberal las órdenes religiosas se vieron sometidas a una profunda reforma mediante un decreto articulado en treinta normas que fue emitido en 1820, por el cual el gobierno dio un serio varapalo a los regulares, disminuyendo considerablemente tanto el número de religiosos como de conventos. El 22 de mayo de 1822 las Cortes emitieron una orden por la cual se mandaba redistribuir a las tres religiosas que quedaban en el convento de San Francisco de Villanueva del Arzobispo entre otros conventos de la misma localidad. Sin embargo, esta orden quedaría en suspenso, postergando la supresión del cenobio hasta 1836. En cumplimiento del Real Decreto de 9 de marzo de 1836, la Junta Diocesana acordó el desalojo de las dos únicas religiosas que permanecían en el convento de San Francisco y su supresión definitiva.

En 1842, por Real Decreto de 26 de julio, la Junta Superior de Bienes Nacionales acordó conceder de forma gratuita al Ayuntamiento de Villanueva del Arzobispo el antiguo edificio del convento de San Francisco, con objeto de establecer en él las Escuelas de Primera Educación. Para ello el 30 de mayo de 1843 se envió un escrito a la Diputación de Jaén, por el cual se solicitaba ayuda económica para poder emprender las reformas necesarias. Las obras no se comenzaron hasta 1856, iniciándose la actividad escolar en el edificio a partir de los años 1857 y 1858.

En 1926 el Ayuntamiento de Villanueva del Arzobispo cedió el edificio del antiguo convento de San Francisco a la Cruz Roja, para instalar en él nuevas dependencias que permitieran a esta institución prestar sus servicios.

En el interior de la iglesia de este convento se veneraron tres imágenes: un San Antonio Abad, situado en la capilla homónima, un altar de San Antonio de Padua y el altar de San Diego, situado en otra capilla del mismo nombre.

Tras la muerte de su marido, Teresa Sánchez entró a profesar en el entonces beaterio de San Francisco de Villanueva del Arzobispo.